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STRING 蛋白質組學是一種基于STRING數據庫的蛋白質相互作用網絡分析方法。蛋白質在細胞內通常不會獨立發揮作用,而是通過復雜的相互作用網絡執行生物功能。STRING 蛋白質組學利用海量實驗數據、計算預測和生物信息學方法系統性地分析蛋白質之間的相互作用,揭示蛋白質功能網絡、信號通路及潛在的生物學機制。這一技術在基礎研究、疾病機制解析、新藥研發及jīngzhǔn醫學等領域具有重要價值。STRING 蛋白質組學依賴于 STRING 數據庫,這是目前全球zuì全面的蛋白質相互作用數據庫之一,整合了多種來源的信息。一是來自高通量蛋白質組學實驗、親和純化、酵母雙雜交、共免疫沉淀等技術的直接實驗證據。二是基于序列同源性、結構分析和機器學習模型預測蛋白質相互作用。三是從大量文獻中提取蛋白質功能關系,構建蛋白質交互網絡。四是分析不同條件下基因的共表達情況,推測功能相關性。五是基于基因組學數據(如基因共線性、基因融合事件)預測蛋白質可能的相互作用關系。通過綜合以上信息,STRING 蛋白質組學能夠提供蛋白質相互作用的置信評分,幫助研究人員篩選關鍵蛋白并解析其在生物通路中的作用。
STRING 蛋白質組學的研究流程通常包括以下幾個關鍵步驟:
1、蛋白質鑒定:使用高分辨率質譜技術(如數據非依賴分析 DIA)檢測樣本中的蛋白質并定量其表達水平。
2、數據篩選:通過數據質控去除低置信度的蛋白,確保分析結果的可靠性。
3、STRING 數據庫查詢:將鑒定的蛋白列表輸入 STRING 平臺,構建蛋白質相互作用網絡(Protein-Protein Interaction, PPI)。
4、網絡分析:通過生物信息學工具計算蛋白質網絡的拓撲特性,例如中心蛋白(hub proteins)、功能模塊和信號通路富集分析。
5、功能注釋:結合基因本體(GO)分析、KEGG 通路富集分析等手段,解析蛋白質在生物過程中扮演的角色。
這yìliú程能夠幫助研究人員從大規模蛋白質組數據中提取關鍵信息,揭示潛在的生物學機制,并指導后續實驗設計。
相比于傳統的單個蛋白質分析方法,STRING 蛋白質組學具有以下優勢:
1、大規模數據整合:結合多種數據來源,提高相互作用預測的準確性。
2、高通量分析:能夠快速分析數百至數千個蛋白質的相互作用,提高研究效率。
3、生物學背景支持:數據庫不斷更新,提供zuì新的生物學信息,確保分析結果的可靠性。
4、可視化能力強:STRING 具有強大的網絡可視化功能,便于研究人員直觀理解蛋白質功能關系。
百泰派克生物科技致力于提供高質量的蛋白質組學研究服務。我們的蛋白質組學分析服務涵蓋蛋白質鑒定、相互作用分析、功能注釋及數據可視化,致力于幫助研究人員快速解析蛋白質網絡。
百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統對蛋白質序列進行分析,提供基于質譜的蛋白測序分析服務,包括對蛋白質的氨基酸組成分析,N端測序,C端測序和全序列分析,以及基于埃德曼降解的蛋白質N端序列分析服務。對于未知理論序列的蛋白質,提供基于從頭測序法的蛋白質從頭測序服務,對蛋白序列進行分析。
※服務優勢:
1.采用目前世界上優良的質譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;
2.可實現對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;
3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;
4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;
5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug,即可完成檢測;
6.測序不受N端封閉,PEC和和糖基化等N端修飾的影響。
百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質譜平臺結合Nano-LC,提供定量蛋白質組學、靶向蛋白質組學、多肽組學、翻譯后修飾蛋白組學等多種蛋白質組學分析服務。此外,百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白質組學服務,助力微量樣本蛋白組學、大樣本群醫學及高通量修飾組學等研究工作。
※服務優勢:
1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規模實驗分析,發現新的生物標記物;
2.體內體外多種蛋白質標記方法,適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;
3.質譜分析靈敏度高,實驗結果重復度高;
4.可檢測較低豐度蛋白,線性范圍廣;
5.zhuānyè生物信息學分析,分析更系統準確。
百泰派克生物科技采用Fluidigm質譜流式系統進行單細胞質譜流式技術分析,采用金屬元素標記物(通常是金屬元素標記的特異抗體)標記細胞表面和內部的分子,然后用流式細胞原理分離單個細胞,再用電感耦合等離子體質譜(ICP-MS)分析單個細胞的原子質量譜,zuì后將原子質量譜數據轉換為細胞表面和內部的信號分子表達量。
※服務優勢:
1.技術優良,*技術空白
采用金屬標記抗體技術,避免了傳統流式熒光通道少且易相互影響的問題。可在單細胞層面上對多種指標同時進行表征,百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。
2.分析數量大,成本較低
單細胞RNAseq受成本等因素限制,所有樣本細胞匯總的分析數目一般在2x10^4個左右,而流式質譜技術一次(單樣本)就可分析至少10^5的細胞,實現了數量級的提高,且成本不高于單細胞RNAseq。
3.應用前景大
①流式質譜結果可以給出細胞亞群的變化,在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景;
②將金屬標簽技術與其他技術結合會有新應用方向。除常規蛋白外,質譜流式細胞技術還可用于蛋白翻譯后修飾;
③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。
百泰派克生物科技的基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發現一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優化的高通量免疫多肽組學分析平臺進行免疫肽組學分析,可從zuì小的樣品材料中進行可重復的識別和定量。該服務可以應用于大規模的研究,旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案,深入挖掘未知的靶標。
百泰派克基于高分辨率質譜技術,MALDI TOF,高效色譜分離技術,提供一系列完善的生物藥物分析方案,從蛋白質、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結構分析,到產品變異性和純度分析。旨在提供優質生物藥物分析服務,幫助生物醫藥生產商提高生物藥物品質。
北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫療器械行業提供質量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規和指導原則,通過CNAS/ISO9001雙重質量體系認證,建立了完備的質量體系,數據冷熱/異地備份,設備定期計量/期間核查,軟件審計追蹤,為客戶提供一體化解決方案和技術服務,支持新藥研發、藥物申報注冊和生產放行。
1.公司采用ISO9001質量控制體系,zhuānyè提供以質譜為基礎的CRO檢測分析服務;
2.獲國家CNAS實驗室認可,為客戶提供符合全球藥政法規的藥物質量研究服務;
3.業務范圍覆蓋蛋白質組學、多肽組學、代謝組學、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質譜流式、生信云分析以及多組學生物質譜整合分析等;
4.七大質量控制檢測平臺,滿足您一站式服務需求;
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6.致力于為您提供優質的生物質譜分析服務!
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