在液相色譜方法開發時選擇合適的有機溶劑需要考慮幾大關鍵因素（見最后的表格）。其中，黏度是重要因素之一，因為高黏度溶劑會產生高背壓，因而可能會對儀器系統帶來限制。
其它重要的溶劑特征還包括UV截止波長和極性指數：UV截止波長較高會導致UV/Vis檢測的靈敏度不佳，而溶劑的極性指數較低則往往會導致化合物洗脫較快，因而通常用于色譜柱的清洗。
優選溶劑：
乙腈、甲醇、丙酮
乙腈 毫無疑問是優選的有機溶劑，因為其在與水的混合體系中產生的系統背壓極低，而且UV截止波長也很低，因此UV/Vis檢測的靈敏度更高。
甲醇 是另一種常用的有機溶劑，它的洗脫強度與乙腈相當，UV吸收相對其他溶劑也較低，而且價格比乙腈便宜得多。甲醇的主要缺點是粘度較大帶來的高背壓，尤其是在使用小粒徑的HPLC色譜柱時更為明顯。
雖然丙酮 的UV吸收較高，但如果分析物在較高的UV波長進行檢測，或者使用其它類型檢測器，如質譜或ELSD，則丙酮也可以進行有效的使用。
次選溶劑：
乙醇、異丙醇/正丙醇、四氫呋喃
一般不建議使用乙醇，因為其在與水的混合體系中產生很高的背壓。但是有時乙醇對于針對成品的制備方法來說是優先選擇，因為它可以避免溶劑殘留。
異丙醇和正丙醇 的洗脫強度較高，也是色譜柱進行低流速清洗最丨常用的溶劑，但是它們同樣會產生較高的背壓。另外，它們是很好的助溶劑，在分析完整蛋白時經常被使用。
四氫呋喃 的洗脫強度與正丙醇相當，但由于較昂貴所以不太常用。但是，它可以作為脂肪或高色素樣品的清洗或再生溶劑。
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