常規轉錄組測序通常只能研究一個細胞群體的整體RNA轉錄水平,而單細胞/微量細胞轉錄組測序(Single cell RNA sequencing)是在單個細胞/微量細胞水平對mRNA進行高通量測序的一項新技術。

易基因采用基于Smart-seq2的單細胞轉錄組建庫技術,能夠高靈敏度、無偏好地高效擴增單細胞轉錄本cDNA,針對單個細胞研究其整體水平的基因表達情況,可以解決常規RNA-seq在細胞分子機制研究中無法解決的細胞異質性、細胞量起始量少等問題。單細胞/微量細胞轉錄組測序技術主要用于在全基因組范圍內挖掘基因調控網絡,尤其適用于存在高度異質性的干細胞、腫瘤細胞及胚胎發育早期的細胞群體。單細胞轉錄組分析有助于深入理解細胞分化、細胞重編程及轉分化等過程及相關的基因調控網絡。

技術優勢：

?  超低起始量:單細胞或超低的建庫RNA起始量；

?  全長mRNA測序：相比10xGenomics單細胞轉錄組測序,本技術除進行全長mRNA測序外，更多的可應用于多樣本量單細胞檢測。

實驗策略：

材料選取→細胞樣本制備(1～1000個新鮮細胞)→文庫構建(smart-seq2)→文庫質控→高通量測序

分析內容：

注：個性化分析、多組學關聯分析請聯系對接銷售或技術支持

送樣要求：

經典案例

單細胞轉錄組測序揭示人CD127+先天淋巴細胞的異質性

Bjorklund, Asa K., et al. "The heterogeneity of human CD127+ innate lymphoid cells revealed by single-cell RNAsequencing." Natureimmunology 17.4 (2016):451.

1、背景

先天淋巴細胞(ILCs)是一種免疫細胞,它通過釋放可溶性的因素調節對病毒、細菌和寄生蟲的早期免疫反應,這些細胞可以根據細胞表面的轉錄因子及細胞因子被分為三個亞型,每種亞型都有不同的功能。

2、方法

利用流式細胞儀分選患有阻塞性睡眠呼吸暫停綜合癥患者的扁桃體組織中的ILCs(Lin-CD127+)和NK cels(CD45+Lin-CD127-NKG2A+CD56+CD16-)。采用Smart-seq2進行單細胞轉錄組擴增建庫;lumina Hiseg 2000 3M reads /樣本進行測序分析。

3、結論

1、細胞分型和亞細胞類型差異表達分析采用PCA(主成分分析)和t-SNE對ILC中847個表達的基因進行分型分析,將細胞分為4類:ILC1、LC2、LC3、NK cels,應用SCDE軟件包對4類細胞的差異基因進行分析,找出共有及有差異基因,結果發現,CD127+LCs中共有的差異基因的表達量比NK細胞中明顯要高。ILC1、ILC2、兒LC3差異基因表達分析,結果表明,LC1 cels共有79個上調表達基因,參與干擾素!的調控,兒C2 cells共有58個上調表達的基因,在前列腺素、Notch信號通路及環境感應中發揮作用,LC3 cells共有371個上調表達的基因,根據GO注釋有85個與免疫相關,且存在未知功能的基因。

2.ILC3細胞亞型分析采用PCA和t-SNE分析ILC3中1.958個注釋的免疫基因,將ILC3分為3個亞型:clusterA、cluster B、clusterc,通過對這3種亞型細胞的分析,發現了新的免疫細胞CD62L+ ILC3。本研究通過對648個單細胞進行單細胞轉錄組的分析,應用t-SNE細胞分型、SCDE基因差異表達分析,在ILC3中發現新的免疫細胞CD62L+ILC3。

參考文獻：

①     DOI:10.1038/ni.3368