磁力加熱攪拌器控溫方式普遍有兩種，
一種是用電接點水銀溫度計控溫，另一種是采用傳感器（電熱偶）控溫.
磁力加熱攪拌器在使用過程中電接點水銀和傳感器一端都是要放入到測量的液體中，另一端與機器連接，在控溫過程中，當液體溫度低于設定溫度，加熱盤開始加熱，當液體溫度達到所設定的溫度，這時由電接點水銀溫度計或傳感器傳輸信號到磁力攪拌器主機，此時加熱盤停止加熱，當溫度再次低于設定溫度時，加熱盤繼續加熱，這就是磁力加熱攪拌器控溫的原理。

在使用磁力加熱攪拌器要注意兩點：
*，加熱盤有熱慣性，控溫時有可能高于設定溫度，如果實驗要求比較高，此時要注意控制加熱盤的溫度（即加熱電壓）。
第二，采用電接點水銀溫度計控溫時是在電接點水銀溫度計上面設定溫度，采用傳感器控溫方法是在機器主機上設定溫度。由此看出，傳感器控溫更加方便。但是傳感器采用金屬材料，所以耐腐蝕程度沒有電接點水銀溫度計玻璃的好。