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液相色譜柱是液體色譜分析儀的核心組件，由柱管、篩板、接頭等部件構成，主要分為分析型、制備型和保護柱三類。分析型色譜柱根據內徑差異分為常規分析柱（4.0-4.6mm）、窄徑柱（1.0-2.1mm）及毛細管柱（0.2-0.5mm），制備型則涵蓋半制備柱（5-10mm）和制備柱（21.2-50mm）。
填料基質：
1.硅膠基質-pH 2-8-高或低pH下，硅膠會溶解。
2.Al2O3·nH2O-pH1-14-化學修飾困難。
3.聚合物基質-pH1-14-孔結構復雜，孔徑不均勻導致柱效不夠高，有機溶劑可能導致聚合。物基質溶漲而受損
在選擇色譜柱之前，先多了解自己的樣品和雜質，他們的類型結構、極性、酸堿性、分子量大小等等。
1.若樣品是堿性的；可選擇高純硅膠柱（高純硅膠缺少金屬雜質，且硅膠端基封尾）或一些經過修飾的C18柱（如極性嵌入技術或堿去活技術等），他們都會減少堿性化合物的拖尾，一般會選擇中性或偏堿的條件下做，因為這樣可增加堿性樣品的保留。
2.樣品是極性的且弱酸性的；就可以選擇C18在100%酸性水溶液條件下檢測，即要選擇承受100%純水且對極性化合物保留很好的色譜柱。
3.如果樣品極性太強或酸性太強；可以選擇CN，NH2，或硅膠柱，HILIC（親水色譜），也有使用C18+強陰離子對試劑或強陰離子交換色譜柱（缺點是離子對試劑平衡時間長，對流動相pH要求比較精密，否則很難重復實驗，另外離子對試劑很難洗下來，基本上用了離子對的色譜柱就不能再用于其它實驗）。
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