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一套完整的分子蒸餾設備主要包括：分子蒸發器、脫氣系統、進料系統、加熱系統、冷卻真空系統和控制系統。分子蒸餾裝置的核心部分是分子蒸發器，其種類主要有3種：
(1)降膜式：為早期形式，結構簡單，但由于液膜厚，效率差，當今世界各國很少采用；
(2)刮膜式：形成的液膜薄，分離效率高，但較降膜式結構復雜；
(3)離心式：離心力成膜，膜薄，蒸發效率高，但結構復雜，真空密封較難，設備的制造成本高。為提高分離效率，往往需要采用多級串聯使用而實現不同物質的多級分離。
整套設備的物料管路均為夾套式設計，不僅能夠處理室溫下為液體的物料，也能處理高熔點的物料，能夠滿足熔點小于200℃物料的分離需求，使用范圍廣。裝置采用高精度齒輪泵進出料，高精度齒輪泵能夠將物料從超高負壓平穩的輸送到常壓，物料無需積壓，分離出多少打出去多，極大程度的保護了物料不會被破壞，對于熱敏性物料尤為重要。而且連續的進出料方式，能夠滿足24小時不停機生產需求，極大的提高的分離提純效率。
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