恒溫搖床操作常見的誤區主要包括：

1. 未能定期對搖床溫度進行調整，使其保持在一個穩定的水平。應確保搖床在實驗過程中溫度波動范圍控制在一定范圍內。
2. 將需要低溫保存的樣品放置在搖床中。恒溫搖床不能代替低溫冰箱，一些需要低溫處理的樣品不能長時間放置在搖床中。
3. 放置樣品過密，這樣會影響搖床內溫度的均勻分布。對于懸臂式搖床，擺放密度應小于兩層間距大于3mm。
4. 不注意及時添加甘油，使用一段時間后會嚴重影響磁力攪拌子的壽命。應當定期查看保濕杯內的甘油，及時補充。
5. 啟動或關閉電源過于頻繁，可能會燒壞電機。需定期清理散熱系統并檢查設備，以防設備過熱影響搖床使用壽命。
6. 忽略搖床清潔和保養，導致故障。每天使用完搖床后，及時清洗保濕杯和攪拌子并擦拭設備，可以延長其使用壽命。
7. 使用不適合的轉頭，恒溫搖床的轉頭分為離心轉頭和磁性轉頭，不能混用。離心轉頭在高速旋轉時容易發生折斷，造成危險，而磁性轉頭則不適合拆卸清洗，需要特別注意。