自來水處理用二氧化氯要好些。采用次氯酸鈉消毒會產生較多的消毒副產物，如二氨乙酸、氯仿等。動物實驗表明，不少氯化副產物具有致突變性和致癌性，許多流行病學調查結果認為，飲水氯化消毒與人群膀胱癌、結腸癌和直腸癌的發病率增加有關；二氧化氯屬氧化消毒劑，在水中具有很強的氧化和消毒作用，效果可靠，而且不會產生三鹵甲烷等物質，現已被國際組織認定為A1級新一代化學消毒劑。

二氧化氯的優點在于：

1、二氧化氯以分子態在水中存在，其分子以對微生物細胞的高穿透力和強氧化性迅速殺滅微生物。二氧化氯作為第四代高效、光譜殺菌劑，殺菌過程為氧化還原反應，殺菌速率快，殺菌效果是次氯酸鈉的4～5倍。

2、二氧化氯，其殺菌效果基本不受水質PH值的影響。 在水質較差微生物含量較高或污染較嚴重的情況下，由于次氯酸鈉殺菌速率較慢，殺菌效果也很差。

3、而二氧化氯由于氧化性強殺菌速度快，在水質差的情況下更凸現其殺菌的高效性能。

4、二氧化氯以分子態存在于水中，穩定性較高，而次氯酸鈉較易分解；因此，二氧化氯可以維持更長的殺菌時間。

5、二氧化氯在殺菌過程以氧化反應為主，不產生任何對人體有害物質。在使用中不但不會產生異味，而且會消除由于水中酚類及其它有機物產生的異味。

6、二氧化氯與次氯酸鈉相比具有較大的優勢，可以達到對各種水處理殺菌、滅藻、除臭、去味的目的。另外，二氧化氯對各項病毒、后生動物及有機污染物的處理效果普遍優于次氯酸鈉。