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高壓滅菌器采用濕熱滅菌法，在同樣溫度下，濕熱的殺菌效果比干熱好，有以下原因。
1、蛋白質凝固所需的溫度與其含水量有關，含水量越大，發生凝固所需的溫度越低。濕熱滅菌時的菌體蛋白質可吸收水分，因而比在同一溫度的干熱空氣中更易于凝固。
2、濕熱滅菌過程中蒸汽放出大量潛熱，進一步提高溫度。在同一溫度下，濕熱滅菌所需時間比干熱短。
3、濕熱氣體的穿透力比干熱氣體強，故濕熱比干熱收效好。高壓蒸汽可以殺死一切微生物，甚至包括細菌的芽孢，真菌的孢子等耐高溫的個體。滅菌的蒸汽溫度隨蒸汽壓力增加而升高，通過增加蒸汽壓力，滅菌時間可被大大縮短。因此它是一種較有效，使用較廣泛的滅菌方法。
滅菌的先決條件是空氣的*排放，空氣需要100%的被高壓蒸汽替代，只有這樣才能保證有效的蒸汽滅菌及有效的濕度分布，殘留空氣不能有效幫助達到滅菌效果
蒸汽排放的兩種方式：
蒸汽向上排放：這是一種傳統的蒸汽排放方式，滅菌器底部加水，加熱元件在底部，加熱后蒸汽從下向上充滿滅菌室并排空空氣，但是在加熱過程中，由于空氣重力大，所以空氣會下沉到底部，從而很難*排放空氣。
蒸汽向下排放：通過獨立蒸汽發生器產生蒸汽。這種方式蒸汽從上部注入，滅菌腔體內沒有加熱絲，蒸汽從上向下排放空氣，空氣從底部排出。通過多次通入蒸汽，這種方式可以保證空氣被排放。
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