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電泳槽是凝膠電泳系統的核心部分，其系統的迅猛發展主要也是體現在電泳槽上。根據電泳的原理，凝膠都是放在兩個緩沖腔之間，電場通過凝膠連接兩個緩沖腔。緩沖液和凝膠之間的接觸可以是直接的液體接觸，也可以間接通過凝膠條或濾紙條。管狀凝膠電泳和垂直板狀電泳大多采取直接液體接觸方式。這種方式可以有效地使用電場，但在裝置設計上有一些困難，如液體泄漏，電安全和操作麻煩等問題。水平板狀電泳槽大多通過間接方式，用濾紙橋搭接
一、電泳槽的分類：
圓盤：有上，下兩個電泳槽和帶有鉑金電極的蓋。上槽中具有若干孔，孔不用時，用硅橡皮塞塞住.要用的孔配以可插電泳管(玻璃管)的硅橡皮塞。電泳管的內徑早期為5~7mm，為保證冷卻和微量化，現在則越來越細。
垂直板：基本原理和結構與圓盤電泳槽基本相同。差別只在于制膠和電泳不在電泳管中，而是在兩塊垂直放置的平行玻璃板中間。
水平：的形狀各異，但結構大致相同。一般包括電泳槽基座，冷卻板和電極。
二、電泳槽的配置：
槽體采用PVC塑料或PP純塑板槽。電泳槽體應由二部分組成;主槽(工作槽)，溢流槽(加料槽)，另外應配備循環過濾系統級加熱，冷卻及溫控系統，溢流槽的寬度約為主槽的1/6，便于安裝加熱，冷卻管。為了防止涂料沉淀，電泳主槽底部采用斜面設計，電泳主槽的寬度=2*(100-300)+零件的寬度+極板與槽壁的距離。2(100-200)--表示兩邊電泳板與零件的較小距離為100-200，對于大平面零件，應大于200mm;電泳槽長度=掛具加零件的總寬度+(50至100mm)*2+溢流槽寬度;(50至100)-表示零件距離底壁50-100mm。
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