液相測定范圍廣：液相色譜儀可檢測物質比較多，配備不同的檢測器，結合衍生實驗可以檢測絕大多數化合物。
氣相色譜可檢測的物質只有易揮發物質，尤其是有機物測定有很好的效果。
精密度高：
常做實驗就可以知道，液相的精密度判定標準為RSD小于2%，而氣相是10%。說明氣相的實驗誤差很大，無法達到液相的相同標準。
安全：
氣相色譜運行時需要升溫，進樣口和檢測器一般都不低于200℃，柱溫箱有時也會高達近200℃；
配備FID的氣相還需要氫氣源來維持檢測器火焰燃燒，氫氣源不論是鋼瓶和是發生器都具有一定危險性；配備ECD的氣相，其ECD中具有放射源，使用及處理不當會造成放射源泄漏，產生放射污染等等。
分離效果好：
由于流動介質的性質不同，液相色譜的峰型參數一般較氣相更好，如對稱性、拖尾因子、理論塔板數等等。可以提高分離效果。
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