氣體類型：發酵過程常用氧氣、氮氣、二氧化碳和空氣等氣體。不同氣體的物理化學性質不同，MFC 需針對具體氣體選型。如測量腐蝕性氣體，需選耐腐蝕材質的 MFC，如哈氏合金等；對于特殊氣體，還需關注 MFC 的兼容性和校準情況，部分 MFC 支持多種氣體，但需針對不同氣體校準。
流量范圍：根據生物發酵工藝中氣體的實際用量來選擇。實驗室小規模發酵，流量范圍可能在幾 sccm 到幾十 sccm；工業大規模發酵罐，氣體流量需求大，可能需幾百 sccm 甚至更高流量范圍的 MFC。所選 MFC 的流量范圍要能覆蓋工藝所需流量，且盡量使實際流量處于 MFC 量程的中間段，以保證測量和控制精度。
流量精度：生物發酵過程對氣體流量精度要求較高，精度通常以滿量程的百分比表示，如 ±0.5%、±1% FS 等。高精度的 MFC 可提高流量控制準確性，確保發酵過程中氣體供應穩定，一般建議選擇精度在 ±1% FS 及以上的產品。
壓力范圍：發酵過程中發酵罐內有一定壓力，要確保所選 MFC 的工作壓力范圍符合發酵罐的工作壓力要求，包括進氣壓力和排氣壓力等，避免因壓力不匹配導致 MFC 性能問題或損壞。
工作溫度：生物發酵通常在特定溫度范圍內進行，如 35°C-37°C。要選擇能在該工作溫度環境下穩定可靠工作的 MFC，考慮溫度對其性能的影響，防止溫度變化導致流量控制不準確。
通信接口：根據發酵控制系統的要求選擇通信接口。常見接口有 RS-232、RS-485、Modbus、Profibus、EtherCAT 等。若發酵系統采用 PLC 控制，可選擇與之兼容的通信接口，實現 MFC 與控制系統的連接，方便遠程監控和控制氣體流量。
認證和材質：在生物發酵領域，尤其是制藥和食品相關行業，MFC 與介質接觸的部件需符合相關認證標準，如 USP VI 類、FDA 標準等，以確保生物相容性和產品質量。材質方面，通常選用不銹鋼等耐腐蝕、不易污染發酵液的材料。
品牌和質量：選擇質量可靠的 MFC，可保證產品質量和售后服務。 MFC 通常在精度、穩定性、耐用性等方面表現更優，且有完善的售后技術支持，能及時解決使用過程中出現的問題。
響應時間：在發酵過程中，氣體流量可能需要根據工藝變化進行快速調整，特別是在補料分批發酵或控制發酵過程中的溶氧濃度等情況。熱式 MFC 響應速度快，通常在毫秒級，能快速跟蹤流量變化，更適合這種動態變化的場景。
調節范圍：較大的調節范圍可以讓 MFC 在不同的發酵階段適應不同的氣體流量需求。例如，在發酵初期，微生物生長緩慢，氣體需求較少；而在對數生長期，氣體需求會顯著增加。具有寬調節范圍（如 > 100:1）的 MFC 可以更好地滿足這種變化
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