氣相色譜儀對所用的載氣純度有較高的要求，為即達到工作要求，又能延長儀器壽命，所用載氣純度要達到或略高于儀器自身對純度的要求；否則，若使用不符合要求的低純度載氣，會造成一系列不良影響。

1.進樣口：樣品易氧化，造成樣品分解，出現鬼峰等；

2.色譜柱：色譜柱內填料易氧化，縮短氣相柱使用壽命；

3.TCD：熱敏元件(錸鎢絲)易氧化，縮短檢測器使用壽命；

4.FID：噪聲大，基線不穩定；

5.ECD：基線滿量程，無法調零；其原因：ECD控制器一般都采用“調制脈沖"供電方式，當設定好預置電流（0.5、1、2nA）后，ECD控制器將發出脈沖電平，使通過檢測器內的載氣被放射源電離的形成電子，在收集脈沖的作用下，在運算放大器輸入端進行減法運算，直至輸出為零，如果載氣純度不夠（主要是含氧量過高），載氣被放射源電離的形成電子流偏低，與設定預置電流不能抵消為零，就會造成運算放大器（積分運算放大器）輸出飽和；無法調零。

6.FPD：噪聲大，基線不穩定；

7.NPD：噪聲大，基線不穩定；

因此選用載氣氣源時，應保證載氣純度達到儀器所需要求，避免因小失大，造成分析結果誤差大以及儀器損壞！