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如何克服無標記蛋白質組學的重現性問題？檢測技術服務詳情介紹

無標記dànbáizhì組學（Label-Free Quantitative Proteomics）因其樣本通量高、操作流程相對簡潔、無需昂貴試劑而被廣泛應用于疾病機制研究、生物標志物發現和藥物作用靶點篩選。然而，隨著大規模項目的不斷推進，研究者也逐漸意識到——重現性差是制約無標記定量深入應用的核心瓶頸之一。本文將從實驗設計、樣品處理、質譜采集到數據分析四個關鍵環節出發，系統解析如何提升無標記dànbáizhì組學的重現性。

一、無標記定量為何容易“變臉"？

無標記定量方法主要依賴MS1級別的信號強度進行dànbáizhì定量，與TMT或iTRAQ等基于同位素標簽的方法不同，其更容易受到樣品批間差異、離子化效率波動、LC-MS系統穩定性等多種因素的干擾。

常見重現性問題包括：

• 不同批次樣品定量結果波動大

• 技術重復間蛋白定量標準差高

• 低豐度蛋白檢出不穩定

這不僅影響數據的統計顯著性，也給生物學解釋帶來偏差。因此，建立一套系統性的優化策略，是提升無標記蛋白組學可靠性的關鍵。

二、提升重現性的四大關鍵環節

1、實驗設計：合理控制變量是dìyī步

在蛋白組學項目中，生物重復與技術重復的設置必須科學嚴謹。推薦：

• 每組設置≥3個生物重復，確保統計顯著性

• 同一批次內完成樣本處理和上機，避免跨批次系統誤差

• 隨機化上機順序，降低時間漂移影響

此外，對于時間跨度較長的項目，應設立質控參考樣品（QC sample），用于監測系統波動與批次間數據歸一化。

2、樣品處理：標準化流程是重現性的保障

從組織勻漿、蛋白抽提、酶切消化到樣品凈化，每一步都可能引入變異。建議采取以下措施：

• 使用統一的裂解緩沖液和蛋白定量方法（如BCA）

• 盡量使用自動化液體處理系統減少人工誤差

• 固相萃取（SPE）凈化步驟建議標準化耗材品牌與流程

3、LC-MS采集：系統穩定是核心基礎

無標記定量依賴色譜峰面積，因而對LC-MS系統的穩定性要求jígāo。

優化策略包括：

• 每日校準儀器，監測保留時間漂移與信號強度

• 使用數據依賴采集（DDA）+動態排除策略，提升譜圖覆蓋率

• 設置iRT標準肽以校正保留時間波動

4、數據分析：合適的歸一化和統計模型是“zuì后一道防線"

即使在理想實驗條件下，少量技術波動仍然不可避免。此時，數據歸一化和差異蛋白篩選方法顯得尤為關鍵。

推薦使用：

• MaxQuant、Spectronaut 等成熟平臺進行定量與識別

• 基于總離子強度或中位數歸一化的方法進行批次矯正

• 差異分析中使用limma、MSstats等帶有方差穩定化模型的統計方法

此外，建議進行PCA主成分分析與批次效應評估，對異常樣本進行質控剔除。

無標記dànbáizhì組學雖然存在一定的重現性挑戰，但通過從實驗設計到數據分析的全流程優化，wánquán可以實現可靠且具有生物學意義的數據輸出。選擇具備經驗、技術平臺完善的合作方，將極大提升研究效率和結果可信度。如您正在開展大規模蛋白組學研究或關注無標記定量的方案優化，歡迎聯系百泰派克生物科技，我們將以嚴謹的科研態度和zhuānyè的技術服務，為您的科研項目保駕護航。

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統對dànbáizhì序列進行分析，提供基于質譜的蛋白測序分析服務，包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務。對于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務，對蛋白序列進行分析。

※服務優勢：

1.采用目前世界上優良的質譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質譜平臺結合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學、靶向dànbáizhì組學、多肽組學、翻譯后修飾蛋白組學等多種dànbáizhì組學分析服務。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學服務，助力微量樣本蛋白組學、大樣本群醫學及高通量修飾組學等研究工作。

※服務優勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規模實驗分析，發現新的生物標記物;

2.體內體外多種dànbáizhì標記方法，適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;

3.質譜分析靈敏度高，實驗結果重復度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學分析，分析更系統準確。

三、單細胞質譜流式技術分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質譜流式系統進行單細胞質譜流式技術分析，采用金屬元素標記物（通常是金屬元素標記的特異抗體）標記細胞表面和內部的分子，然后用流式細胞原理分離單個細胞，再用電感耦合等離子體質譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質量譜，zuì后將原子質量譜數據轉換為細胞表面和內部的信號分子表達量。

※服務優勢：

1.技術優良，*技術空白

采用金屬標記抗體技術，避免了傳統流式熒光通道少且易相互影響的問題。可在單細胞層面上對多種指標同時進行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。

2.分析數量大，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細胞匯總的分析數目一般在2x10^4個左右，而流式質譜技術一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞，實現了數量級的提高，且成本不高于單細胞RNAseq。

3.應用前景大

①流式質譜結果可以給出細胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標簽技術與其他技術結合會有新應用方向。除常規蛋白外，質譜流式細胞技術還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發現

百泰派克生物科技的基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發現一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優化的高通量免疫多肽組學分析平臺進行免疫肽組學分析，可從zuì小的樣品材料中進行可重復的識別和定量。該服務可以應用于大規模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質譜技術，MALDI TOF，高效色譜分離技術，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結構分析，到產品變異性和純度分析。旨在提供優質生物藥物分析服務，幫助生物醫藥生產商提高生物藥物品質。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質譜多組學優質服務商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫療器械行業提供質量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規和指導原則，通過CNAS/ISO9001雙重質量體系認證，建立了完備的質量體系，數據冷熱/異地備份，設備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術服務，支持新藥研發、藥物申報注冊和生產放行。

1.公司采用ISO9001質量控制體系，zhuānyè提供以質譜為基礎的CRO檢測分析服務；

2.獲國家CNAS實驗室認可，為客戶提供符合全球藥政法規的藥物質量研究服務；

3.業務范圍覆蓋dànbáizhì組學、多肽組學、代謝組學、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質譜流式、生信云分析以及多組學生物質譜整合分析等；

4.七大質量控制檢測平臺，滿足您一站式服務需求；

5.服務3000+企業，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優質的生物質譜分析服務!

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