Top-Down蛋白質組學流程全解析檢測技術服務詳情介紹

Top-Downdànbáizhì組學（Top-Down Proteomics, TDP）是一種直接分析完整dànbáizhì（intact proteins）的方法，與之相對的是Bottom-Up dànbáizhì組學，它通過dànbáizhì的酶解產物（通常是肽段）來進行鑒定和定量。Top-Down 方法可以在保持dànbáizhì原始狀態的同時，更全面地揭示其翻譯后修飾（PTMs）、亞型（proteoforms）等信息。Top?Down dànbáizhì組學可為科研人員提供zuì貼近真實蛋白形態的深度解析，是功能dànbáizhì組學、標志物研究和新藥靶點開發中的利器。

一、樣品制備

1、樣本來源與質量控制

（1）組織 / 細胞：使用冷凍研磨或顯微切割獲取高純度樣品

（2）血清 / 血漿：通過去除高豐度蛋白增強低豐度蛋白檢測

（3）重組蛋白 / 標準品：用于方法開發、定量驗證

關鍵在于完整性保護：采用低溫操作、防蛋白酶處理、迅速冷凍，防止蛋白降解與修飾丟失。

2、分離預處理

（1）脫鹽 / 除雜：通過凝膠過濾或透析去除鹽離子干擾

（2）濃縮 / 緩沖切換：確保離子化兼容性

二、分離系統

Top-Downdànbáizhì組學分析前需進行高效分離以減少干擾，常用包括：

1、反相液相色譜（RP?HPLC）

適用于保守性較強的小至中型蛋白（<30?kDa）。優化梯度使完整蛋白以圓滑峰形進入質譜。

2、 正相 / 離子交換色譜（IEX）

可根據蛋白電荷狀態分級，增強復雜樣品中蛋白覆蓋。

3、毛細管電泳（CIEF / CZE）

在電場作用下分離等電點蛋白，適用于高度同分異構體分析。

三、離子化與質譜檢測

1、 離子化方式

（1）ESI（電噴霧電離）：多電荷離子適合大分子

（2）MALDI：優點是快速，但Top?Down應用受限

2、 質譜儀平臺

（1）Orbitrap Eclipse/HF-X：高分辨率（>120,000），質譜準確度高

（2）FT-ICR：亞ppm精度，可解析高度同位素峰

（3）QB/TimSTOF：融合QB碎裂技術，適合翻牌蛋白分析

四、dànbáizhì碎裂策略

完整蛋白需要高效碎裂才能鑒定其一級序列及修飾。常見片段如下：

1、ECD（電子捕獲解離）

羧基保留能力強，適合定位磷酸化、糖基化等PTMs，其特點是 back?bone 裂解突出 c/z 離子。

2、ETD（電子轉移解離）

類似 ECD、能處理較高價帶蛋白，兼具高通量適用性。

3、 CID / HCD（碰撞誘導解離）

常用于小到中等分子量蛋白的序列確認，但可能導致易失性修飾脫落，如磷酸基團。

4、UVPD（紫外光解離）等gāojí方法

提供a+x片段，序列覆蓋更完整，修飾位置更jīngquè。

整合建議：《Top?Down 實驗流程圖》中，推薦“主碎裂方法選擇 + 輔助方法組合"性策略，提升覆蓋率。

五、數據采集與實時分析

現代儀器支持 DIA（Data?Independent Acquisition）和 DDA（Data?Dependent Acquisition）：

1、DDA：針對前體離子碎裂，有高靈敏度，但通量有限

2、DIA：按窗口無選擇掃全片段，通量高但譜圖復雜

六、Top-Downdànbáizhì組學數據處理與結果解析

1、預處理

（1）去噪、脫譜、重建同位素包：

（2）軟件：Thermo ProSight PTM、TopPIC、TDPortal、MSPathFinder

2、序列匹配與 PTM 定位

（1）比對預設譜圖庫或 de novo

（2）可識別磷酸化、甲基化、乙?；任稽c

（3）標記“wánquán蛋白+PTM+剪切"的 proteoform 信息

3、定量 / 差異分析

（1）峰面積或基于標記法（如 TMT）進行相對定量

（2）結合統計分析檢驗顯著性

4、結果可視化

（1）峰圖覆蓋度、譜圖可視化展示、Proteoform 圖譜

（2）修飾熱圖、Protein network整合等

七、應用領域拓展

1、生物標志物發現：腫瘤、神經退行性疾病中特定 proteoform 挖掘

2、藥物靶標驗證：大分子藥物結合誘導 PTM 變化檢測

3、合成生物 / 重組dànbáizhì量控制：質量一致性與結構驗證

4、異構體功能分析：不同剪切變體下的組織特異性功能研究

八、百泰派克Top-Downdànbáizhì組學特點

1、平臺優勢：Orbitrap Eclipse + ETD/ECD/MS/MS 專用碎裂單元

2、流程體系：涵蓋從樣本到深度數據解析的全流程，一站式服務

3、定制支持：支持bǎxiàngdàn白定向方法開發（PTM、剪切異構體、高分子蛋白）

4、結果報告：提供 Proteoform 識別表格、序列修飾圖譜、定量分析熱圖、網絡圖、技術可重復性評價

百泰派克生物科技憑借優良儀器、zhuānyè團隊和系統化流程，致力為生命科學領域客戶提供jíjù價值的Top-Downdànbáizhì組學解決方案。

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統對dànbáizhì序列進行分析，提供基于質譜的蛋白測序分析服務，包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務。對于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務，對蛋白序列進行分析。

※服務優勢：

1.采用目前世界上優良的質譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質譜平臺結合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學、靶向dànbáizhì組學、多肽組學、翻譯后修飾蛋白組學等多種dànbáizhì組學分析服務。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學服務，助力微量樣本蛋白組學、大樣本群醫學及高通量修飾組學等研究工作。

※服務優勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規模實驗分析，發現新的生物標記物;

2.體內體外多種dànbáizhì標記方法，適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;

3.質譜分析靈敏度高，實驗結果重復度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學分析，分析更系統準確。

三、單細胞質譜流式技術分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質譜流式系統進行單細胞質譜流式技術分析，采用金屬元素標記物（通常是金屬元素標記的特異抗體）標記細胞表面和內部的分子，然后用流式細胞原理分離單個細胞，再用電感耦合等離子體質譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質量譜，zuì后將原子質量譜數據轉換為細胞表面和內部的信號分子表達量。

※服務優勢：

1.技術優良，*技術空白

采用金屬標記抗體技術，避免了傳統流式熒光通道少且易相互影響的問題。可在單細胞層面上對多種指標同時進行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。

2.分析數量大，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細胞匯總的分析數目一般在2x10^4個左右，而流式質譜技術一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞，實現了數量級的提高，且成本不高于單細胞RNAseq。

3.應用前景大

①流式質譜結果可以給出細胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標簽技術與其他技術結合會有新應用方向。除常規蛋白外，質譜流式細胞技術還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發現

百泰派克生物科技的基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發現一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優化的高通量免疫多肽組學分析平臺進行免疫肽組學分析，可從zuì小的樣品材料中進行可重復的識別和定量。該服務可以應用于大規模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質譜技術，MALDI TOF，高效色譜分離技術，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結構分析，到產品變異性和純度分析。旨在提供優質生物藥物分析服務，幫助生物醫藥生產商提高生物藥物品質。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質譜多組學優質服務商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫療器械行業提供質量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規和指導原則，通過CNAS/ISO9001雙重質量體系認證，建立了完備的質量體系，數據冷熱/異地備份，設備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術服務，支持新藥研發、藥物申報注冊和生產放行。

1.公司采用ISO9001質量控制體系，zhuānyè提供以質譜為基礎的CRO檢測分析服務；

2.獲國家CNAS實驗室認可，為客戶提供符合全球藥政法規的藥物質量研究服務；

3.業務范圍覆蓋dànbáizhì組學、多肽組學、代謝組學、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質譜流式、生信云分析以及多組學生物質譜整合分析等；

4.七大質量控制檢測平臺，滿足您一站式服務需求；

5.服務3000+企業，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優質的生物質譜分析服務!

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