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在結構生物學和dànbáizhì研究中,圓二色性(Circular Dichroism, CD)光譜是一種重要的工具,廣泛應用于dànbáizhì二級結構分析、構象變化監測以及熱穩定性評估。CD光譜提供了對dànbáizhì折疊狀態的快速、非破壞性檢測手段,但其數據解讀高度依賴于計算工具和算法的支持。當前主流的CD數據分析平臺包括BeStSel和DichroWeb,兩者均被廣泛采用,卻在算法原理、分析精度和適用場景上各有千秋。本文將圍繞“CD光譜分析工具怎么選"這一核心問題,從功能、算法精度、適配性等維度對BeStSel與DichroWeb進行深入解析,為結構生物學研究人員提供實用參考。
一、什么是CD光譜分析?為什么離不開計算工具?
CD光譜是由手性分子對圓偏振光吸收差異產生的譜圖,dànbáizhì的不同二級結構(α-螺旋、β-折疊、無規卷曲)在190–260 nm波長區間具有特征信號。由于CD信號強度弱且各結構的譜圖高度重疊,單靠肉眼難以jīngquè判斷蛋白結構組成比例,這便凸顯了計算工具的重要性。
※ 理想的CD分析工具應具備以下特征:
高準確性:可區分相似的結構特征,如平行與反平行β折疊;
高通量兼容性:支持批量分析與自動化處理;
數據庫依賴度低:避免因參考數據庫偏差導致的誤判;
用戶友好性強:便于非結構生物學背景的研究者操作。
二、BeStSel:結構解析的“β折疊專家"
※ 核心優勢
BeStSel(Beta Structure Selection)專為高分辨β結構判定而設計,特別適用于富含β-結構的dànbáizhì。其算法不僅識別總β含量,還能進一步細分為平行與反平行構型,解決了傳統算法難以區分β類型的難題。
dútè算法:基于廣泛的實驗參考光譜庫,結合支持向量機(SVM)回歸優化,提升分類準確率。
結構敏感性強:尤其在β-結構占比高的蛋白中表現出色。
支持跨物種數據:算法不依賴單一數據庫,適配多種生物樣本。
※ 潛在局限
BeStSel對α-螺旋富集蛋白的適配性相對較弱,若研究對象為膜蛋白或天然無序蛋白,建議搭配其他工具輔助分析。
三、DichroWeb:通用型CD數據處理平臺
※ 核心優勢
DichroWeb是一個成熟的CD光譜分析平臺,提供多種算法選擇(如CONTIN、CDSSTR、SELCON3等),適合大多數水溶性蛋白的結構評估。其優勢在于算法靈活性高、參考數據庫豐富,尤其適合進行批量數據比對和交叉驗證。
多算法支持:可根據樣本特性選擇zuì適合的擬合模型。
操作界面友好:支持在線數據提交和圖形化輸出結果。
數據庫quánwēi:集成多個經驗證的數據集,提高預測穩定性。
※ 潛在局限
DichroWeb對jíduān結構或人工dànbáizhì的分析準確性有所下降,且較依賴參考數據庫的代表性。
四、BeStSel vs.DichroWeb:怎么選?
CD光譜作為蛋白結構研究中的常規技術,其分析質量高度依賴工具算法的選擇與使用策略。BeStSel和DichroWeb各具優勢,并非互斥,而是應被視為互補的分析組件。在未來的結構生物學研究中,合理整合多工具的能力將直接決定數據解釋的深度與準確性。百泰派克生物科技構建了完善的CD數據分析與結構預測服務體系,結合自主優化的數據處理流程與多平臺工具互補機制,確保客戶獲得更加jīngquè且可重復的蛋白結構信息。
百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統對dànbáizhì序列進行分析,提供基于質譜的蛋白測序分析服務,包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析,Nduāncèxù,Cduāncèxù和全序列分析,以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務。對于未知理論序列的dànbáizhì,提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務,對蛋白序列進行分析。
※服務優勢:
1.采用目前世界上優良的質譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;
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6.測序不受N端封閉,PEC和和糖基化等N端修飾的影響。
百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質譜平臺結合Nano-LC,提供定量dànbáizhì組學、靶向dànbáizhì組學、多肽組學、翻譯后修飾蛋白組學等多種dànbáizhì組學分析服務。此外,百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學服務,助力微量樣本蛋白組學、大樣本群醫學及高通量修飾組學等研究工作。
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百泰派克生物科技采用Fluidigm質譜流式系統進行單細胞質譜流式技術分析,采用金屬元素標記物(通常是金屬元素標記的特異抗體)標記細胞表面和內部的分子,然后用流式細胞原理分離單個細胞,再用電感耦合等離子體質譜(ICP-MS)分析單個細胞的原子質量譜,zuì后將原子質量譜數據轉換為細胞表面和內部的信號分子表達量。
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采用金屬標記抗體技術,避免了傳統流式熒光通道少且易相互影響的問題??稍趩渭毎麑用嫔蠈Χ喾N指標同時進行表征,百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。
2.分析數量大,成本較低
單細胞RNAseq受成本等因素限制,所有樣本細胞匯總的分析數目一般在2x10^4個左右,而流式質譜技術一次(單樣本)就可分析至少10^5的細胞,實現了數量級的提高,且成本不高于單細胞RNAseq。
3.應用前景大
①流式質譜結果可以給出細胞亞群的變化,在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景;
②將金屬標簽技術與其他技術結合會有新應用方向。除常規蛋白外,質譜流式細胞技術還可用于蛋白翻譯后修飾;
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北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫療器械行業提供質量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規和指導原則,通過CNAS/ISO9001雙重質量體系認證,建立了完備的質量體系,數據冷熱/異地備份,設備定期計量/期間核查,軟件審計追蹤,為客戶提供一體化解決方案和技術服務,支持新藥研發、藥物申報注冊和生產放行。
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