SWATH-MS vs DDA-MS：哪種技術適合你的研究？檢測技術服務詳情介紹

在蛋白組學研究中，選擇合適的質譜采集方式是獲得高質量數據的關鍵。目前，SWATH-MS（Sequential Window Acquisition of all Theoretical fragment ion spectra）與DDA-MS（Data-Dependent Acquisition）是兩種主流的數據采集技術，各具優勢。對于科研人員而言，理解這兩種方法的原理、適用場景和技術局限，將有助于制定更合理的實驗策略。

一、什么是DDA-MS？

DDA（Data-Dependent Acquisition）是目前應用zuì廣泛的質譜采集策略之一。其工作原理是：質譜儀在一次MS1掃描后，根據預設的強度閾值，選擇zuì強的若干前體離子進行MS/MS碎裂分析。

? 優勢：

• 高質量MS/MS譜圖：針對高豐度離子，能夠獲得高分辨率、高信噪比的碎片譜。

• 成熟的數據庫搜索工具：如Mascot、SEQUEST、MaxQuant等支持廣泛。

• 適合新蛋白鑒定：尤其在探索性研究中表現優異。

?? 局限：

• 采集偏倚：易忽略低豐度蛋白或復雜樣本中的次要離子。

• 重復性差：由于每次采集選擇的前體離子不同，生物重復間可比性較差。

• 數據缺失嚴重：導致蛋白定量不完整，影響下游分析的穩健性。

二、什么是SWATH-MS？

SWATH-MS是基于DIA（Data-Independent Acquisition）策略的一種數據采集方法，它將m/z范圍劃分為連續的窗口（通常為20–25 Da），對每個窗口內所有離子同時進行碎裂和記錄。

? 優勢：

• 高度重現性：全掃描方式使每次運行的數據一致，利于跨組學比較。

• 全面覆蓋低豐度蛋白：不受離子強度選擇限制，提高檢出率。

• 適合大規模定量研究：如生物標志物篩選、多批次樣本分析。

?? 局限：

• 譜圖重疊嚴重：碎片離子來源復雜，解析難度高。

• 對光譜庫依賴強：需要高質量、完整的參考光譜庫支持分析。

• 前期方法建立復雜：涉及窗口設置、標準品選擇等多個步驟。

三、樣本類型與研究目標：你該如何選擇？

1、探索性 vs 驗證性研究

• 若目標是發現新的蛋白或通路，建議優先選擇DDA-MS，其對新蛋白具有更強的鑒定能力。

• 若是針對已知蛋白進行大規模、重復性強的定量分析，如候選生物標志物驗證，則SWATH-MS更具優勢。

2、 樣本復雜度

• 對于復雜度較低的樣本（如純化蛋白、細胞系），DDA足以應對；

• 而對于組織樣本、體液、微量起始材料，SWATH能提供更全面的定量覆蓋。

3、預算與時間因素

• DDA方法分析周期短、上手快；

• SWATH需前期建立光譜庫，但一旦建成，可批量處理大量樣本，適合長期項目。

※ 總結：選擇技術，關鍵看“匹配度"

無論你正在進行基礎研究還是轉化醫學項目，選擇合適的采集模式都至關重要。SWATH-MS的高通量與重復性優勢，正在逐步成為標準化dànbáizhì定量的主流趨勢；而DDA-MS則仍是bùkětìdài的探索性工具。zuì佳策略，往往是將二者結合使用：前期DDA建立光譜庫，后期用SWATH進行大規模定量。百泰派克生物科技提供SWATH定量蛋白組學一站式解決方案，如需深入了解蛋白組學項目設計，歡迎聯系我們獲取免費的項目咨詢與技術建議。

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統對dànbáizhì序列進行分析，提供基于質譜的蛋白測序分析服務，包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務。對于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務，對蛋白序列進行分析。

※服務優勢：

1.采用目前世界上優良的質譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質譜平臺結合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學、靶向dànbáizhì組學、多肽組學、翻譯后修飾蛋白組學等多種dànbáizhì組學分析服務。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學服務，助力微量樣本蛋白組學、大樣本群醫學及高通量修飾組學等研究工作。

※服務優勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規模實驗分析，發現新的生物標記物;

2.體內體外多種dànbáizhì標記方法，適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;

3.質譜分析靈敏度高，實驗結果重復度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學分析，分析更系統準確。

三、單細胞質譜流式技術分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質譜流式系統進行單細胞質譜流式技術分析，采用金屬元素標記物（通常是金屬元素標記的特異抗體）標記細胞表面和內部的分子，然后用流式細胞原理分離單個細胞，再用電感耦合等離子體質譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質量譜，zuì后將原子質量譜數據轉換為細胞表面和內部的信號分子表達量。

※服務優勢：

1.技術優良，*技術空白

采用金屬標記抗體技術，避免了傳統流式熒光通道少且易相互影響的問題。可在單細胞層面上對多種指標同時進行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。

2.分析數量大，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細胞匯總的分析數目一般在2x10^4個左右，而流式質譜技術一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞，實現了數量級的提高，且成本不高于單細胞RNAseq。

3.應用前景大

①流式質譜結果可以給出細胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標簽技術與其他技術結合會有新應用方向。除常規蛋白外，質譜流式細胞技術還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發現

百泰派克生物科技的基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發現一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優化的高通量免疫多肽組學分析平臺進行免疫肽組學分析，可從zuì小的樣品材料中進行可重復的識別和定量。該服務可以應用于大規模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質譜技術，MALDI TOF，高效色譜分離技術，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結構分析，到產品變異性和純度分析。旨在提供優質生物藥物分析服務，幫助生物醫藥生產商提高生物藥物品質。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質譜多組學優質服務商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫療器械行業提供質量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規和指導原則，通過CNAS/ISO9001雙重質量體系認證，建立了完備的質量體系，數據冷熱/異地備份，設備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術服務，支持新藥研發、藥物申報注冊和生產放行。

1.公司采用ISO9001質量控制體系，zhuānyè提供以質譜為基礎的CRO檢測分析服務；

2.獲國家CNAS實驗室認可，為客戶提供符合全球藥政法規的藥物質量研究服務；

3.業務范圍覆蓋dànbáizhì組學、多肽組學、代謝組學、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質譜流式、生信云分析以及多組學生物質譜整合分析等；

4.七大質量控制檢測平臺，滿足您一站式服務需求；

5.服務3000+企業，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優質的生物質譜分析服務!

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