DIA與DDA有何不同？一文看懂兩大蛋白質組學技術檢測技術服務詳情介紹

在dànbáizhì組學研究中，質譜技術是揭示細胞內dànbáizhì種類、豐度變化和翻譯后修飾的核心工具。特別是基于液相色譜-串聯質譜（LC-MS/MS）的分析方法，已廣泛應用于基礎研究、臨床研究、生物標志物發現等多個領域。其中，DDA（Data-Dependent Acquisition，數據依賴采集）和DIA（Data-Independent Acquisition，數據非依賴采集）是目前zuì主流的兩種質譜數據采集模式。雖然它們在操作流程上都以LC-MS/MS為基礎，但在數據獲取策略、信息覆蓋率、定量精度及數據重現性等方面存在顯著差異。

一、什么是DDA？

DDA是一種“點對點"采集策略。在LC-MS/MS分析過程中，質譜儀優良行一次全掃描（MS1），檢測出所有可離子化的前體離子，然后根據其強度從中選擇zuì強的若干個離子（通常為Top N）進行碎裂（MS2）并采集其碎片信息。這種選擇性碎裂的方式意味著質譜儀的“注意力"主要集中在高豐度離子上，而低豐度離子往往會被忽略。

??DDA的優勢：

• 鑒定深度高：尤其適用于復雜樣本中的dànbáizhì鑒定，能夠實現對上千種dànbáizhì的高通量識別；

• 數據質量清晰：由于每次僅碎裂少數離子，MS2譜圖背景干擾較少，便于人工或軟件識別。

??DDA的局限：

• 重復性差：由于MS2選擇具有隨機性，不同實驗中即使是同一樣本也可能選擇不同離子，導致數據一致性較差；

• 對低豐度蛋白不友好：高豐度離子優先被采集，低豐度成分常常遺漏，限制了其在定量分析中的表現；

• 數據缺失嚴重：在多組學數據分析中，dànbáizhì/肽段缺失值較多，影響統計學分析的準確性。

二、什么是DIA？

DIA是一種“面面俱到"的數據采集方式，其基本思想是將整個m/z范圍分成若干窗口（如8~25Da），然后對每個窗口內的所有前體離子同時碎裂并采集MS2數據。換句話說，不再依賴于前體離子的強度篩選，而是對樣本中所有可檢測的離子群體進行無差別的全面掃描。

??DIA的優勢：

• 數據重現性高：由于所有離子都被系統性采集，不依賴于實時信號強度，實驗之間的一致性顯著提升；

• 低豐度蛋白識別能力強：即使是信號較弱的肽段，也有可能進入分析流程；

• 適合大規模定量：特別適用于臨床研究和隊列樣本分析，能zuì大程度減少缺失值；

• 支持回溯分析：只要構建了合適的光譜庫，后期可以從原始數據中回溯檢測感興趣的目標肽段或蛋白。

??DIA的挑戰：

• 數據復雜度高：由于多個前體同時碎裂，MS2譜圖重疊嚴重，解析難度大；

• 對軟件依賴度高：需要優良的算法（如Spectronaut、DIA-NN、OpenSWATH）來實現高準確率的鑒定與定量；

• 光譜庫建設成本高：高質量DIA分析通常依賴于預先構建的DDA光譜庫，尤其在非模式物種或新研究體系中，構庫過程繁瑣。

三、DIA與DDA的核心差異對比解析

從技術本質來看，DDA與DIA的核心差異在于：是否對前體離子進行選擇性碎裂。DDA基于實時信號強度進行決策，是一種“有偏選擇"；而DIA則是不加選擇的全面掃描，具有高度的系統性。

從數據獲取策略出發，兩者的典型表現如下：

• 信息覆蓋率：DIA > DDA，DIA能更全面采集低豐度成分；

• 數據一致性：DIA優于DDA，適合大規模隊列研究；

• 操作簡便性：DDA較為成熟且對儀器參數依賴性小；

• 定量準確度：DIA具有更優的線性范圍與動態響應；

• 數據處理需求：DIA需更高性能的計算平臺及zhuānyè分析軟件。

四、適用場景的技術選擇建議

常見研究場景與推薦技術路徑：

?初步探索性研究或新物種蛋白組建庫：

建議優先采用DDA，其高質量MS2譜圖便于構建光譜庫，提升后續DIA分析效率。

?臨床樣本隊列、大規模差異蛋白定量：

推薦使用DIA，其高重復性和低缺失率非常適合統計學分析與生物標志物篩選。

?復雜蛋白互作網絡分析（如免疫沉淀質譜）：

DDA由于特異性強、噪音低，更利于高置信度的肽段識別，適用于蛋白互作研究。

?定量驗證與生物標志物驗證研究：

DIA結合PRM/MRM等驗證方法，可實現從發現到驗證的無縫銜接。

無論是選擇DDA還是DIA，核心在于明確研究目標與資源條件，進而合理規劃實驗路徑。DDA適用于光譜庫建設和高置信度初篩，而DIA則更適合大樣本、定量為主的深度研究。建議科研人員在實驗設計階段就充分評估樣本量、目標蛋白表達范圍和數據處理能力，制定zuì匹配的質譜策略。百泰派克生物科技專注于前沿蛋白組學與代謝組解決方案，提供DIA定量dànbáizhì組學服務，助力每一項生命科學探索更進一步。

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統對dànbáizhì序列進行分析，提供基于質譜的蛋白測序分析服務，包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務。對于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務，對蛋白序列進行分析。

※服務優勢：

1.采用目前世界上優良的質譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質譜平臺結合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學、靶向dànbáizhì組學、多肽組學、翻譯后修飾蛋白組學等多種dànbáizhì組學分析服務。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學服務，助力微量樣本蛋白組學、大樣本群醫學及高通量修飾組學等研究工作。

※服務優勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規模實驗分析，發現新的生物標記物;

2.體內體外多種dànbáizhì標記方法，適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;

3.質譜分析靈敏度高，實驗結果重復度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學分析，分析更系統準確。

三、單細胞質譜流式技術分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質譜流式系統進行單細胞質譜流式技術分析，采用金屬元素標記物（通常是金屬元素標記的特異抗體）標記細胞表面和內部的分子，然后用流式細胞原理分離單個細胞，再用電感耦合等離子體質譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質量譜，zuì后將原子質量譜數據轉換為細胞表面和內部的信號分子表達量。

※服務優勢：

1.技術優良，*技術空白

采用金屬標記抗體技術，避免了傳統流式熒光通道少且易相互影響的問題。可在單細胞層面上對多種指標同時進行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。

2.分析數量大，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細胞匯總的分析數目一般在2x10^4個左右，而流式質譜技術一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞，實現了數量級的提高，且成本不高于單細胞RNAseq。

3.應用前景大

①流式質譜結果可以給出細胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標簽技術與其他技術結合會有新應用方向。除常規蛋白外，質譜流式細胞技術還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發現

百泰派克生物科技的基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發現一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優化的高通量免疫多肽組學分析平臺進行免疫肽組學分析，可從zuì小的樣品材料中進行可重復的識別和定量。該服務可以應用于大規模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質譜技術，MALDI TOF，高效色譜分離技術，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結構分析，到產品變異性和純度分析。旨在提供優質生物藥物分析服務，幫助生物醫藥生產商提高生物藥物品質。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質譜多組學優質服務商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫療器械行業提供質量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規和指導原則，通過CNAS/ISO9001雙重質量體系認證，建立了完備的質量體系，數據冷熱/異地備份，設備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術服務，支持新藥研發、藥物申報注冊和生產放行。

1.公司采用ISO9001質量控制體系，zhuānyè提供以質譜為基礎的CRO檢測分析服務；

2.獲國家CNAS實驗室認可，為客戶提供符合全球藥政法規的藥物質量研究服務；

3.業務范圍覆蓋dànbáizhì組學、多肽組學、代謝組學、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質譜流式、生信云分析以及多組學生物質譜整合分析等；

4.七大質量控制檢測平臺，滿足您一站式服務需求；

5.服務3000+企業，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優質的生物質譜分析服務!

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