實時熒光定量PCR擴增主要是做一些簡單的、對單一退火溫度的目的基因進行擴增。一次PCR擴增可以設置一系列不同的退火溫度條件（溫度梯度），通常為12種溫度梯度的普通PCR儀。
PCR技術的本質(zhì)是體外核酸擴增，加熱使雙鏈DNA解開螺旋，在退火溫度條件下引物同模板DNA雜交，在TaqDNA聚合酶，dNTPs，Mg2＋和合適pH緩沖液存在條件下延伸引物，重復“變性→退火→引物延伸”過程至25～40個循環(huán)，呈指數(shù)級擴大待測樣本中的核酸拷貝數(shù)。
實時熒光定量PCR擴增將具有細胞定位能力的原位雜交技術運用于從細胞內(nèi)靶DNA的定位分析，在細胞內(nèi)實現(xiàn)基因擴增的普通PCR儀。PCR擴增時加入的引物利用熒光素進行標記，使引物和熒光探針同時與模板進行特異性結(jié)合，擴增結(jié)果通過熒光信號采集系統(tǒng)實時采集信號并輸送到計算機分析處理系統(tǒng)，實時輸出量化結(jié)果，這樣的PCR儀叫實時熒光定量PCR儀。
PCR也叫基因擴增儀，主要用于用于科研及醫(yī)學臨床的基因擴增、定性PCR基因擴增、熒光／酶免終點定量DNA基因擴增、基因芯片等其他基因分析應用的基因擴增等。基因擴增儀適合國內(nèi)外各種PCR試劑盒傳染病類、腫瘤類、科研類。進口基因擴增儀主要由外殼、變溫反應腔、散熱系統(tǒng)、加熱系統(tǒng)、制冷系統(tǒng)、電子控制系統(tǒng)、供電系統(tǒng)、人機界面等各部分組成。
常見故障：
1、個別孔擴增效率差異很大，可能的原因是半導體模塊出現(xiàn)壞點；
2、儀器工作時出現(xiàn)噪音；
3、熒光染料污染樣品孔；
4、熒光強度減弱或不穩(wěn)定，產(chǎn)生的原因有濾光片發(fā)霉或有水汽，或光源損耗（以鹵鎢燈為光源的），需更換光源；或需調(diào)節(jié)檢測元件靈敏度；
5、PCR管融化，原因可能是溫度傳感器出問題或是熱蓋出問題。
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