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分子互作實驗:CLIP紫外膠聯(lián)免疫沉淀

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更新時間:2025-07-03 15:31:28瀏覽次數(shù):261次

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CLIP(Cross-linking immunoprecipitation,交聯(lián)免疫共沉淀)通過結(jié)合UV交聯(lián)和免疫共沉淀的方法來分析蛋白與RNA相互作用的結(jié)合位點

一、技術簡介

CLIP(Cross-linking immunoprecipitation,交聯(lián)免疫共沉淀)通過結(jié)合UV交聯(lián)和免疫共沉淀的方法來分析蛋白與RNA相互作用的結(jié)合位點。


二、技術原理

CLIP技術利用紫外線照射使細胞內(nèi)的RNA與RNA結(jié)合蛋白(RBP)發(fā)生共價交聯(lián),隨后通過免疫沉淀的方法富集與特定RBP結(jié)合的RNA片段,再經(jīng)過逆轉(zhuǎn)錄和高通量測序等步驟,獲取RBP在體內(nèi)的RNA結(jié)合位點和結(jié)合序列信息。

分子互作實驗:CLIP紫外膠聯(lián)免疫沉淀

三、應用場景

1.蛋白質(zhì)-RNA相互作用研究:確定特定蛋白質(zhì)在體內(nèi)的RNA結(jié)合位點和結(jié)合序列,揭示蛋白質(zhì)在轉(zhuǎn)錄后調(diào)控中的作用機制。

2.疾病相關研究:通過比較正常和疾病狀態(tài)下RBP的RNA結(jié)合情況,發(fā)現(xiàn)與疾病發(fā)生、發(fā)展相關的RNA結(jié)合事件和調(diào)控網(wǎng)絡。

3.藥物研發(fā):為藥物研發(fā)提供新的靶點和作用機制,幫助開發(fā)針對特定RNA結(jié)合蛋白或其調(diào)控的RNA分子的藥物。

4.生物信息學分析:通過對CLIP-seq數(shù)據(jù)的生物信息學分析,預測RNA結(jié)合蛋白的結(jié)合位點和結(jié)合模式,構(gòu)建RNA調(diào)控網(wǎng)絡等。


四、技術優(yōu)勢

1.體內(nèi)原位檢測:能夠在活體細胞內(nèi)捕獲蛋白質(zhì)和RNA的相互作用,真實反映體內(nèi)的生理狀態(tài)。

2.較高特異性和嚴格的純化:通過特異性抗體或標簽純化交聯(lián)復合物,可有效去除非特異性結(jié)合的RNA和蛋白質(zhì),提高結(jié)果的可信度。

3.結(jié)合高通量測序:與高通量測序技術結(jié)合,可在全基因組范圍內(nèi)鑒定RBP的RNA結(jié)合位點和結(jié)合序列,獲取豐富的信息。


五、樣本類型

新鮮細胞(貼壁細胞/懸浮細胞),紫外交聯(lián)后細胞樣本。


六、樣本需求

細胞樣本:約1×10^7個(可以是1個10cm皿,或以懸浮細胞形式存儲于離心管中,或1個T75瓶);

交聯(lián)細胞樣本:254 nm,150 mJ/cm2標準UV交聯(lián)處理細胞。


七、樣本準備&運輸

活細胞樣本:距離較近的可以將養(yǎng)在皿/T75瓶/離心管內(nèi)的新鮮細胞樣本常溫快遞(最遲次日達)運輸,本市內(nèi)可閃送或親自遞送;

交聯(lián)后細胞樣本:-80℃凍存干冰運輸。


八、需提供的試劑

檢測用ChIP級抗體。


九、實驗周期

1-2周(不包含測序)


十、其他

后續(xù)檢測選擇RT PCR時,需提供后續(xù)檢測的位點。


分子互作實驗:CLIP紫外膠聯(lián)免疫沉淀



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