水處理臭氧發生器消毒效果，由臭氧與水混合而成的臭氧水溶液有很強的消毒作用，它能快速而廣泛地殺滅多種微生物和致病微生物，當其濃度達到2mg/L，作用1min，就可以殺死諸如大腸桿菌、金黃色葡萄球菌、細菌芽孢、黑曲霉、酵母等微生物。在實際生產中，臭氧水的灌裝桶或瓶裝臭氧水的濃度應大于0.5mg/L，否則不能保證殺滅包裝材料上的微生物，有可能造成這樣的結果：產品進入入庫檢驗時，由于臭氧濃度低，活菌的檢出率較低，但放置一周后，由于細菌生長繁殖，復檢時的檢出率可能較高。主要取決于其在水中的濃度。水體中臭氧含量越高，滅菌效果越好。臭氧在水中的濃度又取決于臭氧氣體進入水中的濃度、水溫以及臭氧在水中的分散性。臭氧通氣濃度越高，水溫越低，臭氧在水中的分散度越大；當臭氧與水的混合物充分混合時，臭氧含量越高，消毒效果越好。
此外，臭氧發生器中的關鍵部件是放電管，放電管效率高，產生的臭氧濃度高，在實際使用過程中，如果進入放電管的氣體含有水分和油污，將大大降低放電管的工作效率。所以，進入放電管內的壓縮空氣或氧氣必須經過嚴格的除水除油處理(空壓機帶油)，即必須在生產過程中不定期對氣體預處理系統進行檢查，也可以根據每天測定臭氧水中臭氧含量的結果進行分析，發現問題及時處理。

水處理臭氧發生器消毒效果，由于過量發生的臭氧不能貯存，而且過量發生的臭氧又額外浪費電能；同時由于臭氧屬于有毒物質，為了安全和健康的原因，接觸器尾氣中的剩余臭氧必須在排放到環境之前予以分解，這也需要電能。臭氧滅菌的速度和效果是其他消毒劑或消毒方的，它的高氧化還原電位決定它對氧化、脫色、除味方面的廣泛應用，有人研究指出，臭氧溶解于水中，幾乎能夠殺水中一切對人體有害的物質，比如鐵、錳、鉻、硫酸鹽、酚、苯、氧化物等，還可分解有機物及滅藻等