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　　一、48道基因合成儀設(shè)備相關(guān)誤差：

　　1. 加樣系統(tǒng)誤差

　　移液精度波動(dòng)：

　　不同通道的移液泵或閥可能存在差異，導(dǎo)致加樣量不一致（如堿基單體分配不均）。

　　長(zhǎng)期使用后，移液部件磨損或堵塞，造成體積偏差。

　　交叉污染：

　　通道之間密封性不足，導(dǎo)致液體殘留或揮發(fā)物擴(kuò)散，引起堿基或酶污染。

　　2. 溫度控制誤差

　　反應(yīng)體系溫差：

　　48通道加熱模塊的溫度均勻性不足，部分孔位溫度偏高或偏低，影響延伸效率。

　　升溫/降溫速率不一致，導(dǎo)致PCR或連接反應(yīng)不同步。

　　熱蓋壓力不均：

　　熱蓋與反應(yīng)板接觸不緊密，部分孔蒸發(fā)嚴(yán)重，改變反應(yīng)體系體積。

　　3. 檢測(cè)系統(tǒng)誤差

　　熒光/吸光度檢測(cè)偏差：

　　不同通道的光學(xué)檢測(cè)器靈敏度差異，導(dǎo)致對(duì)合成效率的判斷失誤。

　　背景噪聲干擾（如熒光淬滅或散射），影響實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)準(zhǔn)確性。

　　4. 機(jī)械故障

　　磁珠分離或振蕩混勻不均：

　　磁力模塊磁場(chǎng)強(qiáng)度差異，導(dǎo)致磁珠回收效率不同，影響洗滌或純化效果。

　　振蕩頻率或時(shí)間不一致，導(dǎo)致反應(yīng)混合不充分。

　　二、48道基因合成儀的操作與流程誤差：

　　1. 程序設(shè)置錯(cuò)誤

　　參數(shù)輸入偏差：

　　合成周期（如延伸時(shí)間、變性溫度）設(shè)置不當(dāng)，導(dǎo)致片段長(zhǎng)度或錯(cuò)配率升高。

　　未根據(jù)模板類型（如GC含量高、二級(jí)結(jié)構(gòu)）調(diào)整參數(shù)。

　　自動(dòng)化腳本漏洞：

　　多步驟程序（如切割、連接、純化）銜接不當(dāng)，導(dǎo)致反應(yīng)中斷或過(guò)度處理。

　　2. 樣本加載問(wèn)題

　　加樣順序或位置錯(cuò)誤：

　　人工加樣時(shí)未按規(guī)范操作（如未更換槍頭），引入外源DNA污染。

　　不同通道的起始物料量差異（如引物濃度不同），導(dǎo)致合成效率不均。

　　3. 純化與回收效率低

　　磁珠或硅膠膜純化損失：

　　純化過(guò)程中小片段DNA（如短寡核苷酸）吸附損失，降低產(chǎn)量。

　　洗滌不徹*，殘留鹽或雜質(zhì)抑制后續(xù)反應(yīng)。