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  醫院污水按污染物不同大致可分為病原性微生物污染污水、有毒有害化學污水、放射性污染物污染廢污水三類。

1、病原性微生物及其控制指標

通常把大腸菌群數和糞大腸菌群數作為衡量水質受到糞便污染的生物學指標。醫院污水和生活污水中經水傳播的疾病主要是腸道疾病，由病毒傳播的疾病有肝炎、小兒麻痹等。

2、有毒有害物質及水質指標

PH：醫院的酸堿污水主要來自化驗室、檢驗室的消毒劑的使用及洗衣房和放射科等，可對管道造成腐蝕或影響消毒劑的使用效果。

 SS：影響水體外觀和氯化消毒滅活效果。

BOD和COD：大部分來自生活系統排水，可生化性能良好，但醫院廣泛使用的消毒劑對生物處理是不利的。

動植物油：來自食堂排水，影響水體溶解氧和醫院含菌污水的消毒效果。

總汞：包含有機、無機、可溶和懸浮的汞，可使人體發生全身性中毒。

3、放射性同位素水質指標

醫院單位在診斷和治療中用到的放射性同位素在其衰變過程中產生α、β、γ放射性，在人體內積累會對人體健康造成損害。醫院放射性污水主要來自同位素治療室，應針對這一部分污水單獨設置衰變池處理，達標后再排入綜合下水道。