選擇保護柱的原則是：在滿足分離分析要求的前提條件下，盡可能的選擇較短的保護柱，盡可能選擇對分離樣品保留弱的填料。
大多數色譜工作者是根據分析柱的填料來選擇保護柱的填料，正常情況下可以選擇與分析柱一樣的色譜填料。但是，根據實際的分析工作，可不必與分析色譜柱的填料全然匹配。
色譜柱通常在選擇保護柱之前首先要考慮樣品是否清潔，對于大部分分析工作來說，一支25px長的保護柱便能夠提供充分的保護作用。但是，如果樣品較臟，或工作中發現經常要更換25px的保護柱，那么就應該選用50px或75px的保護柱。保護柱越長自然所裝的色譜填料就越多，則其保護性能越好，當然隨著保護柱長度的增加，樣品的保留時間也相應增加。一般來說，保護柱的內徑與分析色譜柱的內徑相同或者相當即可。
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