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但CE與質(zhì)譜接口的穩(wěn)定性不足、CE方法重復性略差、電泳分離過程受pH值和溫度等因素的影響，以及蛋白酶解物在電泳過程中的吸附造成樣本損失等問題的存在，限制了CE-MS在單細胞蛋白質(zhì)組學中的進一步應用。
對細胞的精確認知是理解細胞在生理和病理過程中功能的先決條件。傳統(tǒng)研究手段是針對細胞群體進行分析，獲得大量細胞的平均化結(jié)果，無法區(qū)分不同細胞個體對于樣品異質(zhì)性的精確貢獻值，從而忽視或掩蓋了單細胞的個體差異。
單細胞內(nèi)蛋白質(zhì)種類繁多，豐度低，動態(tài)分布范圍寬且無法擴增，因此對檢測手段提出了更高的靈敏度要求。在眾多高靈敏分析方法中，熒光檢測方法的靈敏度可以達到單分子水平，并且具有動態(tài)跟蹤能力，但是其蛋白質(zhì)檢測通量有限。然而電化學檢測方法雖然細胞干擾小，但受限于蛋白質(zhì)通量以及電化學活性的要求，無法對多種蛋白質(zhì)進行同時檢測。
質(zhì)譜作為研究蛋白質(zhì)組學的一種常規(guī)方法，其靈敏度高，通過已有的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫，可以同時對上萬種蛋白質(zhì)進行定性以及定量，并且可以提供豐富的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)信息。但是由于單個體細胞內(nèi)的蛋白質(zhì)總量平均只有約100pg，利用質(zhì)譜直接進行檢測會面臨樣本復雜度和單細胞靈敏度等挑戰(zhàn)，因此質(zhì)譜前的分離技術(shù)對于提高方法檢測靈敏度以及蛋白質(zhì)定性定量的準確度來說十分必要。
細胞是構(gòu)成生物體的基本單位，由于遺傳因素、生化噪音、細胞微環(huán)境等諸多因素使得單個細胞之間存在著廣泛的異質(zhì)性。因此，單細胞研究不僅可使人類對細胞與生命的本質(zhì)有更為精確的認識，同時也為疾病的診斷、分型、治療以及預后提供了更為強有力的工具。蛋白質(zhì)作為生命活動的主要承擔者，可以為其提供更為直接且更有價值的表型信息，因此成為單細胞研究的熱點目標。
單細胞蛋白質(zhì)組學服務需要注意的要點如下：
注意數(shù)據(jù)的質(zhì)控。
預處理和質(zhì)控時，注意去除低質(zhì)量單細胞數(shù)據(jù)。
在做生信分析前，建議再次篩選出高質(zhì)量單細胞數(shù)據(jù)集。
