離子色譜儀充分利用了固定相和流動相間的交換作用，在固定相中離子交換樹脂和流動相中電荷相同的離子在分離色譜柱中停留的時間不同，從而分離出被分析物溶質和交換劑之間的親和力差異。離子色譜儀的工作流程基本相同。主要流程如下：
(1)對沖洗液系統進行必要的檢查，打開氬氣瓶開關，將減壓閥調整到0.2-0.3Mpa；打開淋洗液系統的氣源裝置，調整減壓閥，使指示器顯示在3-6PSi之間。
(2)按順序打開主機-電腦-打印機等設備的電源開關，使設備通電。
(3)系統處理和控制系統接通電源后，進入操作界面，進入系統操作面板，為操作前的準備和管理做好準備。
(4)將泵打開。如色譜分析儀長時間不用或更換淋洗液時，應先將平衡泵頭上的PRIME閥打開，待泵壓力穩定后再打開。
(5)樣品通過進樣器在進入色譜柱之前引入，流動相將樣品引入色譜柱，在色譜柱中分離組分，然后依次隨流動相流向檢測器。
(6)將檢測器檢測到的信號送至數據系統，利用操作界面完成樣件后，選擇檢測標準進行數據處理，記錄、處理、打印或保存。
(7)關機，根據檢測樣品的不同，系統關機需要選擇不同的關機步驟。對于陰陽離子，首先要關掉抑制器的電流，然后關掉泵，最后關掉主機。
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