毛細管色譜具有以下優點：
（1）分離效率高。比填充柱高10～100倍；總柱效高：盡管毛細管柱效比填充柱大，但仍處于同一數量級。然而毛細管柱為開管柱，可以做得更長（n大）。此外，柱管中心是空的，因此渦流擴散項不存在（A=0），譜帶展寬小因而總柱效高譜帶展寬小，因而總柱效高。
（2）分析速度快。用毛細管色譜分析比用填充柱色譜速度,相比率（Vm/Vs）大，分配快，有利于提高柱效；加上保留因子k小，滲透性好，因而分析速度快；有利于提高柱效；加上保留因子k小，滲透性好，因而分析速度快；
（3）柱容量小。進樣量小（對單個組分而言，約0.5 ug即達極限），需采用分流技術并使用更高靈敏度的檢測器；這是毛細管柱最大的不足，尤其對痕量分析來說極為不利，而且寬沸程的樣品在分流后會失真。
（4）色譜峰窄、峰形對稱。較多采用程序升溫方式。
（5）靈敏度高。一般采用氫焰檢測器。
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