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冷凍干燥機操作方法：冷凍干燥前，先將準備干燥的物品置于低溫冰箱或液氮中，使物品*冰凍結實，方可進行冷凍干燥。主機與真空泵之間由真空管連接，連接處采用標準卡箍。卡箍內含一只密封橡膠圈，連接前可在橡膠圈上涂抹適量真空脂，再用卡箍卡緊。主機的右側板上設有真空泵的電源插座，將真空泵的電源線連接好。檢查真空泵，確認已加注真空泵油，不可無油運轉。油面不得低于油鏡中線。主機冷阱上的“O”型密封橡膠圈應保持清潔，*次使用時，可薄薄涂上一層真空脂，有機玻璃罩置于橡膠圈上，輕輕旋轉幾下，有利于密封。
開機操作：
1. 接通電源線，此時察看總電源指示燈是否閃爍，閃爍說明電源已接通。
2. 按下“總電源”開關鍵三秒，此時“冷阱溫度”顯示窗開始顯示冷阱溫度，放開此鍵。
3. 按下“制冷機”開關鍵，制冷機開始運轉，冷阱溫度逐漸降低。為使冷阱具有充分吸附水份的能力，預冷時間應不少于30分鐘。
4. 按下“真空計”開關鍵，此時真空數碼顯示為“110”，“103”指示燈亮。
5. 預冷結束后，將已準備好的待干燥物品置于干燥盤中，罩上有機玻璃筒，將充氣閥和放水閥（位于右側板上）順時針方向擰緊。
6. 按下“真空泵”開關鍵，真空泵開始工作，數碼顯示下降直至20Pa以下，冷凍干燥進程開始。注：在真空泵開始工作時，用力下壓有機玻璃罩片刻，有利于密封。
7. 多歧管型 首先應將橡膠閥關閉（將閥芯長把向上），待真空度達到20Pa以下時將預凍結束的凍干瓶插入橡膠閥下接口，將塑料閥芯向下旋轉180度。注意：此時真空計示數會有回升，應在真空度達到20Pa以下時，再裝下一瓶。
關機操作：
1. 首先慢慢（一定要慢，否則真空泵里的油會倒吸）打開“充氣閥”，同時按下“真空泵”電源開關鍵，使空氣緩慢進入冷阱。如需充入惰性氣體，則將惰性氣體的減壓導管連接“充氣口”，然后慢慢打開“充氣閥”，使惰性氣體緩慢進入冷阱。
2. 依次按下“真空表”，“制冷機”開關，關閉，此時指示燈滅，“總電源”開關鍵，同開機時按下三秒無顯示后放開此鍵。
3. 提起有機玻璃罩，將物品取出，保存，冷凍干燥過程結束。
4. 冷阱中的冰化成水后，打開“放水閥”將水排出。
5. 清理冷阱內的水份和雜質，妥善保養設備。
6. 真空泵不用時，應蓋上出水嘴，以防臟物進入
7. 多歧管型，應逐個關閉橡膠閥并取下凍干瓶后再重復關機操作。
注意事項：操作過程中切勿頻繁開關，如因操作失誤造成制冷機停止運轉，不能立即啟動，至少等20分鐘后方可再次啟動，以免損壞制冷機。每次冷凍干燥后，冷阱盤管上的冰化成水后，用毛巾清除干凈凍干結束旋開“充氣閥”向冷阱充氣時，一定要慢，以免沖壞真空計。
冷凍干燥機的型號多，有-50℃ /普通型、-50℃ /壓蓋型、-50℃ /掛瓶型、-50℃ /壓蓋掛瓶型、-50℃ /菌種保藏型、-80℃ /普通型、-80℃ /壓蓋型-、80℃/壓蓋掛瓶型、-80℃ /菌種保藏型等等。