酶標儀的工作原理與光度比色計類似，主要分為半自動和全自動兩類；半自動在測量時須要手動調節孔版，而全自動則不須要，儀器可自動成排檢測。酶標儀主要用于ELISA測定，由于ELISA測量對于樣品體積有要求，普通的光電比色計無法完成測試。
光源燈發出光波照射過濾光片，進入塑料微孔中才測試樣品，然后被樣品吸收后另一部分光波照射光電檢測器上，通過光波進行分析處理，后由顯示器、打印機顯示結果。自動酶表儀可以自動進行縱向、橫向移動，用于時非常方便但是其結構復雜對于后期維護有一定的要求，并且售價也比較高。
酶標儀發光檢測
發光檢測不需要光源，采用光纖作光信號傳道，液導光纖比石英光纖靈敏度更高。通常發光實驗需要快速檢測，比如 BRET （生物發光共振能量轉移），就需要使用注射器進行加樣后立刻檢測，同時需要兩個波長間得快速切換完成雙波長的檢測。因此采用濾光片配合液導光纖能夠得到的檢測效果。
總結：基于不同理念設計出的酶標儀，有著不同的應用。全部用單色器系統制作的多功能酶標儀在熒光檢測的應用上必然有不足。而全部用濾光片系統制作的多功能酶標儀也必定在吸收光檢測應用上有所局限。這樣的多功能酶標儀，在各自的功能上均有所妥協，使得實驗者在各個方面未必都能得到的實驗結果。只有根據不同的檢測模式（吸收光、熒光、發光）、不同的實驗要求而設計的具有多重檢測光路的多功能酶標儀，用適合的光路去做合適的檢測應用才能算是大程度滿足實驗者需要的高性能儀器。
