防止菌種退化，可以提高產量，減輕病蟲害的發生、發展，減少農藥用量，是有機雙孢菇的基礎。
1.培養菌種的環境溫度不能超過28度，培養好的菌種在常溫下存放時間不宜超過半個月。
2.切實掌握好培養基出菌的時間和溫度，防止破壞營養成分，酸堿度要適宜。
3.要經常更換培養基，如麥秸或稻草、雞糞、棉籽殼、麥麩等培養基原料要相互交替使用。
4.原種不要一次用完，分次取用，余下的低溫保存，防止傳代過多。
5.每年應選擇個體大、生長正常、健壯無病蟲的子實體進行一次組織分離，從中選優去劣，擴大接種生長。
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