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集菌儀是通過定向蠕動加壓原理，使供試品中微生物截留在濾器中的微孔濾膜0.22µm*47mm或0.45µm*47mm上，通過沖洗濾膜除去抑菌成分，然后把所需的培養基通過進樣管道直接引入全封閉過濾集菌培養器中，放置在培養箱內進行無菌培養。
1、首先取出我們配套使用的一次性培養器先檢查包裝是否完好無損，在無菌室內打開包裝。
2、然后將一次性培養器逐個插放在不銹鋼排液槽上（儀器上的幾個小孔，每個孔安放一個培養皿即可）。
3、將一次性培養器的彈性軟管裝入集菌儀的蠕動泵頭，集菌儀要求定位準確，軟管走勢順暢。
4、打開待檢供試品瓶（袋）的插針孔并做環形消毒，（若檢測安瓶樣品，先將安瓶頸部做環形消毒，然后再打開）將樣品瓶（袋）定位。
5、拔去進樣針管護套，針頭和供試品瓶口過酒精燈火焰消毒，插入樣品瓶中，開啟智能集菌儀，將供試品瓶倒置，實施過濾集菌（應避免雙芯針管進氣濾膜被藥液浸濕，影響進氣；若樣品為袋裝不存在該問題）重復操作每個樣品的過濾程序。