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染色緩沖液（BSA）的配制：
PBS含有1% FBS和0.09% NaN3，置于冰上或4度生化培養箱備用。
準備單細胞懸液：淋巴組織、骨髓、血液或培養的細胞。
用冰染色緩沖液洗細胞2次，離心細胞，用冰染色緩沖液重懸細胞，使終濃度為2×107細胞/ml。
各取50ul（106細胞）細胞懸液到2個圓底的Ep管中。
根據抗體說明書在其中1個Ep管中加入合適的抗體量，另外1個加入同型對照抗體，冰上避光孵育20分鐘（建議每5分鐘輕輕混勻，以免細胞沉積）。根據熒光抗體的親和力適當延長染色時間。
用1ml染色緩沖液洗2次去除未結合的抗體，300×g離心5分鐘，每次離心后小心吸取上清。
用適量染色緩沖液（如500ul）重懸細胞。
流式細胞儀分析染色結果（不超過4小時）。如果暫時無法檢測，也可以將染色后的細胞用4%多聚甲醛固定后，避光儲存在4度。固定后的細胞可以保存至多一個星期。