奧林巴斯CX43生物顯微鏡的應用多指其在生物領域中的使用，在生物領域中，CX43可以用來看一些透明或半透明的液體和粉末狀的物體，主要用于微生物的檢查，還有醫院里的常規檢查。也可以用在實驗室中，用來觀察生物切片、生物細胞、細菌以及活體組織培養等分裂過程的觀察和研究。

作為生物顯微鏡，奧林巴斯CX43可謂舒適、高效的滿足用戶在生物領域的應用，CX43照明均勻，色溫恒定，采用LED照明，色溫實現日光效果，在樣品的自然色條件下即可進行觀察。奧林巴斯CX43生物顯微鏡也是舒適高質量的顯微鏡，CX43的機架設計滿足人體工學的要求，是操作更便捷，效率更高。在使用奧林巴斯CX43時，無需移動聚光器頂側鏡頭，即可實現4X至100X的放大倍率更換。2X的放大倍率也可以通放置目鏡和聚光器轉盤至2X的位置來實現。低位配置的換鏡旋座能夠讓操作者在調焦過程中使用最少的肢體動作快速地更換物鏡，在長時間的觀察中，極大地提高了工作效率。

為了符合人體工學的需求，以及將工作效率最大化體現，全新的生物顯微鏡奧林巴斯Olympus cx43將人手與顯微鏡鏡架的控制旋鈕進行了很好的匹配。此外操作者在使用一只手調節焦距和載物臺的時候，另一只手可以迅速放置樣品，從而使得操作動作最小化，減少了在使用上的操作時間。