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近日，一篇刊登在雜志Nature上題為“Whole-organism clone tracing using single-cell sequencing”的研究報(bào)告中，來(lái)自荷蘭烏德勒支大學(xué)醫(yī)學(xué)中心等機(jī)構(gòu)的研究人員通過(guò)研究開(kāi)發(fā)出了一種新方法，能夠利用單細(xì)胞測(cè)序來(lái)進(jìn)行整個(gè)生物有機(jī)體的克隆跟蹤，文章中，研究人員描述了如何利用這種方法對(duì)條形碼斑馬魚(yú)細(xì)胞（barcoded zebrafish cells）進(jìn)行了研究。

研究者表示，胚胎發(fā)育是高度復(fù)雜的有機(jī)體發(fā)育的一個(gè)重要階段，比如人類(lèi)，僅有非常有限的胚胎祖細(xì)胞能夠成功制造出成年機(jī)體內(nèi)部所有類(lèi)型的細(xì)胞，為了理解這一過(guò)程發(fā)生的機(jī)制，研究人員就需要新方法能夠測(cè)定克隆歷史的發(fā)生，同時(shí)還能在單細(xì)胞分辨率下進(jìn)行細(xì)胞的識(shí)別；基于此，研究人員開(kāi)發(fā)出了一種名為ScarTrace的新技術(shù)，該技術(shù)能夠添加熒光蛋白轉(zhuǎn)基因的串聯(lián)拷貝，從而就能在CRISPR-Cas9基因編輯的轉(zhuǎn)錄過(guò)程中有效識(shí)別所的“疤痕”。

利用這一技術(shù)，研究人員就能夠在編碼的斑馬魚(yú)細(xì)胞中追蹤克隆起源及細(xì)胞結(jié)果，更具體地說(shuō)，研究者還能夠從多個(gè)位點(diǎn)來(lái)追蹤成體細(xì)胞，這些位點(diǎn)包括腎臟、眼睛等。研究者表示，當(dāng)祖細(xì)胞開(kāi)始分化增殖產(chǎn)生左眼或右眼組織時(shí)，這一技術(shù)就能足以研究整個(gè)過(guò)程，同時(shí)研究者還發(fā)現(xiàn)，斑馬魚(yú)皮膚和尾鰭中的細(xì)胞都來(lái)自于同一種祖細(xì)胞，此外研究人員還在魚(yú)鰭中識(shí)別出了免疫細(xì)胞以及其它類(lèi)型血細(xì)胞的不同克隆來(lái)源。

zui后研究者表示，ScarTrace技術(shù)或有望幫助研究人員實(shí)現(xiàn)zui終的研究目標(biāo)，即追蹤從單一細(xì)胞發(fā)育成為完整機(jī)體過(guò)程中所涉及的所有事件，目前研究人員正在同來(lái)自中國(guó)、英國(guó)和美國(guó)的科學(xué)家們進(jìn)行合作，研究人員在文中詳細(xì)描述了他們基于單細(xì)胞測(cè)序方法所開(kāi)發(fā)出的MAP-seq是如何發(fā)揮作用的。（生物谷）

原始出處：

Anna Alemany, Maria Florescu, Chloé S. Baron, et al. Whole-organism clone tracing using single-cell sequencing. Nature 28 March 2018, doi:10.1038/nature25969