自身免疫抗體是機體在非正常狀態下，由機體自身免疫系統分泌的針對機體自身蛋白的抗體。比如：系統性紅斑性狼瘡疾病產生的抗體。自身抗體產生的原因有很多，具體機理還有待研究。多數學者認為：一些自身抗體的產生是由于遺傳因素和環境因素共同作用的結果，比如：一些病毒性疾病或長期在處于有毒化學毒素下，都可以能導致自身免疫疾病。自身免疫疾病源于機體對自身體內或組織產生免疫應答。換句話說，免疫系統將機體自身的物質誤認為病原。這主要局限于一些特定組織：（比如：甲狀腺）。自身免疫疾病的治療主要依賴于免疫調節藥物用于降低免疫應答。