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 二氧化碳培養箱溫度加熱方式一般分為水套式和氣套式；水套式適合實驗環境不太穩定，如有用電限制或者經常停電的用戶選擇；氣套式特備有利于短期培養以及需要箱門頻繁開關取放樣的培養。
此外對于使用者來說氣套式設計比水套式更加簡單化，水套式需要對水箱進行加水、清空和清洗，要經常監控水箱運作的情況，還潛在污染隱患。
可靠的溫控系統是培養箱*的一個重要部分，用戶應選用高度的溫度傳感器并且具備相互地理多重溫度控制功能的二氧化碳培養箱。同時在選擇氣套式培養箱時，培養箱內應該要裝有風扇保證箱內的空氣循環和流通。