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細菌是否有芽孢以及芽孢的形狀和位置都是細菌的重要特征，細菌的芽孢壁比營養細胞的細胞壁結構復雜、致密、通透性低，著色和脫色都比營養細胞困難。芽孢有很強的抗熱和抗化學物質的特性，當采用堿性染料并加熱或延長染色時間時，使菌體和芽孢都能著色，再用蒸餾水沖洗脫去菌體顏色，但芽孢的顏色仍然可以保留，可以在顯微鏡下明顯區分芽孢和營養體的形態。
Leagene芽孢染色液(Moeller法)主要由石炭酸染色液、Moeller染色液、Moeller脫色液組成，芽孢會被染成紅色，菌體呈紅色，操作簡單，結果判斷更可靠，但應注意，觀察芽孢應在成熟期，但也不能過久，否則只能看到芽孢，而營養體已經消失。該試劑僅用于科研領域，不適用于臨床診斷或其他用途。
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