厭氧微生物對其活動范圍內的pH值有一定的要求，產酸菌對pH值的適應范圍較廣，一般在4.5～8.0之間都能維持較高的活性。而甲烷菌對pH值較為敏感，適應范圍較窄，在6.6～7.4之間較為適宜，佳pH值為7.0～7.2。因此，在厭氧處理過程中，尤其是產酸和產甲烷在一個構筑物內進行時，通常要保持反應器內的pH值在6.5～7.2之間，好保持在6.8～7.2的范圍內。

厭氧處理要求的佳pH值指的是反應器內混合液的pH值，而不是進水的pH值，因為生物化學過程和稀釋作用可以迅速改變進水的pH值。反應器出水的pH值一般等于或接近反應器內部的pH值。

含有大量溶解性碳水化合物的廢水進入厭氧反應器后，會因產生乙酸而引起pH值的迅速降低，而經過酸化的廢水進入反應器后，pH值將會上升。含有大量蛋白質或氨基酸的廢水，由于氨的形成，pH可能會略有上升。因此，對不同特性的廢水，可控制不同的pH值，可能低于或高于反應器所要求的pH值。