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　　實時熒光定量pcr儀，由熒光定量系統(tǒng)和計算機組成，用來監(jiān)測循環(huán)過程的熒光。與實時設備相連的計算機收集熒光數(shù)據(jù)。數(shù)據(jù)通過開發(fā)的實時分析軟件以圖表的形式顯示。原始數(shù)據(jù)被繪制成熒光強度相對于循環(huán)數(shù)的圖表。原始數(shù)據(jù)收集后可以開始分析。實時設備的軟件能使收集到的數(shù)據(jù)進行正常化處理來彌補背景熒光的差異。正常化后可以設定域值水平，這就是分析熒光數(shù)據(jù)的水平。

　　PCR反應過程中產生的DNA拷貝數(shù)是呈指數(shù)方式增加的，隨著反應循環(huán)數(shù)的增加，終PCR反應不再以指數(shù)方式生成模板，從而進入平臺期。在傳統(tǒng)的PCR中，常用凝膠電泳分離并用熒光染色來檢測PCR反應的終擴增產物，因此用此終點法對PCR產物定量存在不可靠之處。在real-timeQ-PCR中，對整個PCR反應擴增過程進行了實時的監(jiān)測和連續(xù)地分析擴增相關的熒光信號，隨著反應時間的進行，監(jiān)測到的熒光信號的變化可以繪制成一條曲線。在PCR反應早期，產生熒光的水平不能與背景明顯地區(qū)別，而后熒光的產生進入指數(shù)期、線性期和終的平臺期，因此可以在PCR反應處于指數(shù)期的某一點上來檢測PCR產物的量，并且由此來推斷模板初的含量。為了便于對所檢測樣本進行比較，在real-timeQ-PCR反應的指數(shù)期，首先需設定一定熒光信號的域值，一般這個域值（threshold）是以PCR反應的前15個循環(huán)的熒光信號作為熒光本底信號（baseline），熒光域值的缺省設置是3～15個循環(huán)的熒光信號的標準偏差的10倍。如果檢測到熒光信號超過域值被認為是真正的信號，它可用于定義樣本的域值循環(huán)數(shù)（Ct）。Ct值的含義是：每個反應管內的熒光信號達到設定的域值時所經歷的循環(huán)數(shù)。研究表明，每個模板的Ct值與該模板的起始拷貝數(shù)的對數(shù)存在線性關系，起始拷貝數(shù)越多，Ct值越小。利用已知起始拷貝數(shù)的標準品可作出標準曲線，因此只要獲得未知樣品的Ct值，即可從標準曲線上計算出該樣品的起始拷貝數(shù)。