激光顯微鏡具有高度適應性，并且是非接觸式檢測。為了改善場景的深度，必須在高度方向上進行掃描以獲得一系列切片，然后重疊以獲得三維圖像。
使用方法：
(1)開啟儀器電源及光源：一般先開啟顯微鏡和激光器，再啟動計算機，然后啟動操作軟件，設置熒光樣品的激發光波長，選擇相應的濾光鏡組塊。以便光電倍增管檢測器能得到足夠的信號結果。使用汞燈的注意事項同普通熒光顯微鏡。
(2)設置相應的掃描方式：在目視模式下．調整所用物鏡放大倍數，在熒光顯微鏡下找到需要檢測的細胞。切換到掃描模式，調整雙孔針和激光強度參數，即可得到清晰的共聚焦圖像。
(3)獲取圖像：選擇合適的圖像分辨率，將樣品完整掃描后，保存圖像結果即可。
(4)關閉儀器：儀器測定樣品結束后，先關閉激光器部分，計算機仍可繼續進行圖像和數據處理。若要退出整個激光掃描顯微鏡系統．則應該在激光器關閉后，待其冷卻至少10分鐘后再關閉計算機及總開關。
