大量的研究結果表明，隨著高效液相色譜柱使用時間的增加，色譜柱分離效能下降，柱壓增高的原因主要是由于色譜柱柱頭被污染引起的，而色譜柱整個柱床并未被嚴重破壞。如果能在色譜柱的前端加一短柱，讓所有的污染或破壞均在此發生，就可以達到保護相對較昂貴的色譜柱作用，這就是保護柱的設計初衷，也是保護柱的作用所在。