生物顯微鏡是用來觀察生物切片、生物細胞、細菌以及活體組織培養、流質沉淀等的觀察和研究，同時可以觀察其他透明或者半透明物體以及粉末、細小顆粒等物體。左圖所示為生產的倒置生物顯微鏡型，該生物顯微鏡也是食品廠、飲用水廠辦QS、HACCP認證的*檢驗設備。
先將低倍物鏡的位置固定好，然后放置標本片，轉動反光鏡，調好光線，將物鏡提高，向下調至看到標本，再用細調對準焦距進行觀察。除少數顯微鏡外，聚光鏡的位置都要放在較為高點。如果視野中出現外界物體的圖像，可以將聚光鏡稍微下降，圖像就可以消失。聚光鏡下的虹彩光圈應調到適當的大小，以控制射入光線的量，整理增加明暗差。
生物顯微鏡供醫療衛生單位、高等院校、研究所用于微生物、細胞、細菌、組織培養、懸浮體、沉淀物等的觀察，可連續觀察細胞、細菌等在培養液中繁殖分裂的過程等。在細胞學、寄生蟲學、腫瘤學、免疫學、遺傳工程學、工業微生物學、植物學等領域中應用廣泛。顯微鏡的重要光學技術參數在鏡檢時，人們總是希望能清晰而明亮的理想圖象，這就需要顯微鏡的各項光學技術參數達到一定的標準，并且要求在使用時，必須根據鏡檢的目的和實際情況來協調各參數的關系。只有這樣，才能充分發揮顯微鏡應有的性能，得到滿意的鏡檢效果。
顯微鏡的光學技術參數包括：數值孔徑、分辨率、放大率、焦深、視場寬度、覆蓋差、工作距離等等。這些參數并不都是越高越好，它們之間是相互又相互制約的，在使用時，應根據鏡檢的目的和實際情況來協調參數間的關系，但應以保證分辨率為準。
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