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熒光定量PCR之RNA提取及質量評估的方法

時間:2023/6/12閱讀:999
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分子生物學研究對提取RNA要求較高,純度高、完整性好、含量高的RNA是獲得實驗成功的關鍵和前提。小編給各位小伙伴總結了以下RNA提取常見問題及RNA質量的評估方法:
 

常見的RNA提取方法有異硫氰酸胍-苯酚法(Trizol法)、離心柱法和磁珠法。Trizol法是動物組織及動物細胞總RNA提取常用的方法。Trizol法裂解能力較強,尤其適合小樣本及特別難提取的組織,如皮膚,動物結締組織等總RNA的提取;另外Trizol作為一種通用型的裂解試劑,還可以用于植物組織、細菌、真菌等組織的提取。離心柱法是一種十分穩定的RNA提取方法,電泳條帶較為均一,但分子量較小的RNA會被過濾掉。磁珠法是使RNA與納米磁珠結合,在磁場作用下,磁珠-核酸復合物與液體分離,再把核酸從磁珠上洗脫下來。對于含多糖多酚的植物組織如油茶、茶葉、油菜等還可以使用CTAB法進行總RNA的提取。那么在RNA提取過程中如何防止RNA降解,保證RNA質量?
 

如何避免RNA降解?

1.避免RNA酶的產生:

A 、避免內源性RNAase:

內源性RNAase是造成RNA降解的最重要原因。收集樣本時,內源性RNA酶釋放,降解RNA,降解速度與酶含量和溫度有關,所以收集樣本時必須馬上進行內源RNA酶的失活。內源性RNAase失活方法:①迅速研磨破碎后加入裂解液中保存;②立即切成小塊投入液氮中保存;③使用RNAlater保護劑等。


B、避免外源性RNAase:

使用無RNase的塑料制品和槍頭,玻璃器皿要消毒避免交叉污染,注意:戴帽子、戴口罩、橡膠無菌手套,在清潔灰塵少的試驗臺提取。


2.提高RNA提取效率:

A 、組織RNA提取:

選用新鮮組織,這樣RNA提取的效果比較好;如果不是新鮮的(最好在半年之內,-80℃或者液氮中凍存的)組織,注意不要反復凍融,從冰凍狀態拿到0-4℃,待組織解凍后,用DEPC泡過的剪刀剪一小塊組織,稱重后,放到預冷的勻漿器中,進行勻漿處理。注意:速度不要太快,要有間隙,否則由于摩擦產熱,RNA遇熱會加速降解。如果一次做多個標本的RNA提取,也要這樣做,更不能急。后面的步驟和細胞RNA提取一樣。


B、培養細胞的RNA提取:

貼壁細胞,需要先用胰酶消化后,然后收集到離心管中,離心,去上清然后用PBS多洗2-3次,以去除多余的胰酶。懸浮細胞,直接用吸管或者加樣槍吹打,以使細胞基本可以被吹下來。然后離心去上清,不需要用PBS洗。


如何確認RNA質量的好壞?

1. RNA溶液純度的檢測:

RNA溶液在280、320、230、260nm下的吸光度分別代表了核酸、背景(溶液渾濁度)、鹽濃度和蛋白等有機物的值。一般我們通過OD260/OD280的值來判斷RNA純度:

OD260/280的值在1.9-2.1之間,認為RNA純度較好;

OD260/280的值小于1.8時,表明蛋白質雜質較多;

OD260/280的值大于2.2時,表明RNA已經降解;

注意:如果用TE溶液洗脫RNA,會使OD260/280的值偏大。


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