負染色又稱陰性染色，是由Hall發現的相對于普通染色(即正染色)而言的染色技術。其原理在于利用重金屬鹽包繞低電子密度的樣品，增強樣本四周的電子密度，造成細微結構之間的“質量－厚度”差異，增強散射吸收反差，使樣品在黑暗的背景上呈現明亮的結構。負染色液有磷鎢酸、鉬酸銨、印度墨汁等，其中常用的是1～3%磷鎢酸。
    磷鎢酸負染色液(5%)適用于顯示大分子、細菌、病毒、原生動物、噬菌體、細胞器、核酸大分子、蛋白質晶體及其他大分子材料等，尤其適用于較難染色的樣本。染色后的樣品圖像呈現透明的亮光，而背景圖像呈黑色。