通風管道的設計，需要考慮風機的成本，排氣物質的種類，風速，噪音，管道直徑，長度，彎曲度，材質等各種因素。凈氣型通風柜的管道系統用一臺通風機與一臺通風柜，用單一管道連接是的方法。但是，由于沒有那么多的管道空間，選擇室外安裝的一臺通風機處理多臺通風柜的排風比較經濟等原因，集中管道施工依然很多。這時需要注意以下幾點： 
    1、有機類、無機類、過氧酸類、放射性同位素必須采用各個分離的管道系統，而且各自的系統的通風柜不得使用以外的藥品。因為從各個通風柜產生的有害氣體若混合到同一管道有產生爆炸的危險。 
    2、盡量將管道設計在同一層排氣。比重大的氣體冷卻后形成冷凝水有害物有流入后面通風柜的危險。 
    3、一臺通風機連接的通風柜越少越好。 
    4、通風管道盡可能直立，而且高度越高越好。
    5、通風機盡可能安裝在管道的末端，（屋頂上等處）。 
    6、排風管道的末端應盡量避開補風管道的進氣風口，防止排出的有害氣體通過通風管道再被送進通風柜。