生產型制備液相色譜系統可以用于藥物類產品的生產（天然產物類原料藥、發酵類藥物、多肽類藥物等）；醫藥中間體和化工中間體；食品添加劑行業；多肽蛋白分析等。

發酵液是組成非常復雜的體系，含有微生物細胞、代謝產物、未消耗的培養基等。傳統的工藝路線中用離心法和板框過濾，濾液質量差，可溶性蛋白、糖類、多肽、色素等雜質均不能被有效去除，增加后續工藝的處理負荷，影響提取工藝的整體收率，也影響了最終的產品質量;而傳統的固定床樹脂工藝，樹脂用量大，酸堿水消耗高，成本高，環保壓力大。生產中的典型工藝。

生產型制備液相色譜系統多肽蛋白分析實例：脫氫睪丸激素、腺(嘌呤核)苷、縮二氨酸、抗菌素、糖肽、人胰生長激素、胰蛋白酶抑制劑、β-乳球蛋白、尿酸、免疫球蛋白、類葉紅素、人胰島素B鏈、賴氨酸、蘇氨酸、色氨酸、苯丙氨酸等產品的分離純化。

生物工程的各個分支：基因工程、細胞工程、酶工程和發酵工程中，蛋白質、多肽、核酸等生物大分子的分離和純化，由于這些生物大分子在分子量、疏水性、熱穩定性、化學穩定性、反應性能等方面，不同于小分子和中等分子量的化合物，不能用常規的分離技術來分離這些生物大分子。