垂直流超凈工作臺和水平流超凈工作臺有不同的效果。超凈工作臺根據氣流的方向分為垂直流超凈工作臺和水平流超凈工作臺，垂直流工作臺風機在頂部，噪音較大，風垂直吹多用在醫藥工程，垂直流風保證人的身體健康;水平流工作臺噪音較小，風向往外，多用在電子行業。
兩者的區別在于水平送風的超凈工作臺沒有玻璃隔離，潔凈風直接吹到人的臉部和身上，如果有有害氣體直接傷害到操作者，所以水平送風的超凈工作臺一般用于電子、國防、精密儀器、儀表等行業。
1、水平層流超凈工作臺:是一種通用性較強的局部潔凈工作臺，它廣泛用于電子、國防、精密儀器、儀表、制藥行業等。
2、垂直層流超凈工作臺:垂直單向流超凈工作臺廣泛應用于需要局部潔凈的區域。實驗室、生物制藥、光電產業、微電子、硬盤制造等領域。
水平送風與垂直送風工作臺都能滿足實驗需要，所要考慮的就是氣流流型(根據實驗看哪種送風形式對實驗影響最小)。
一般都是用垂直的;垂直送風的也就是垂直向下吹，垂直流形，準閉合式臺面，可有效防止外部合流透入及操作異味對人體的刺激。如果在工作臺里放顯微鏡,那垂直送風的氣流會被顯微鏡阻擋，這種情況就要選擇水平風;但一般的實驗都用垂直的，玻璃門一般都是上下移動的。
總的來說，水平與垂直送風不存在明顯的優劣之分，根據實驗要求選擇合適的類型。
